应用案例分析-生物信息学-周纯葆-中国科学院海洋研究所高性能计算.PPTVIP

* * 应用案例分析-域分解与功能分解 对等模式 * * 应用案例分析-域分解与功能分解 域分解对等模式主要代码 …… residue = nd % np ; /* 计算余数 */ if ( residue == 0 ) { /* 如果能平均分配 */ num = nd / np ; start = num * myid ; } else { /* 如果不能平均分配，进程号靠前的每个进程多处理一条数据 */ if ( myid residue ) { num = nd / np + 1 ; start = num * myid ; } else { num = nd / np ; start = num * myid + residue ; } } …… * * 应用案例分析-域分解与功能分解 并行思想： 多条Markov链由多个进程同时进行计算 单条Markov链内部似然由多个进程同时进行计算 避免了仅利用任务分解造成的扩展性不好的问题 任务分解受到Markov链数量的限制，域分解与数据相关 由于任务分解和域分解相结合，进程组织较复杂 * * 应用案例分析-域分解与功能分解 进程虚拟拓扑结构 * * 应用案例分析-域分解与功能分解 任务分解主要代码 …… for(i=0; iiteration; i++) /*iteration为迭代的总次数*/ { doMCMC(); /*每个进程各自执行MCMC计算，域分解部分*/ /* 随机产生需要交换的Markov链标号 */ i = Rnk(); j = Rnk(); if(myrank==i || myrank==j) { /* Markov链i和j交换信息，信息存储在message中 */ MPI_Recv( message, 1, MPI_INT, source, 0, MPI_COMM_WORLD, status ); MPI_Send( message, 1, MPI_INT, dest, 1, MPI_COMM_WORLD ); } } 汇总结果文件; …… * * 应用案例分析-域分解与功能分解 域分解主要代码 …… residue = nd % np ; /* 计算余数 */ if ( residue == 0 ) { /* 如果能平均分配 */ num = nd / np ; start = num * myid ; } else { /* 如果不能平均分配，进程号靠前的每个进程多处理一条数据 */ if ( myid residue ) { num = nd / np + 1 ; start = num * myid ; } else { num = nd / np ; start = num * myid + residue ; } } …… * * 应用案例分析-域分解与功能分解 任务分解示意图 * * 应用案例分析-域分解与功能分解 域分解示意图 * * Supercomputing Center of Chinese Academy of Sciences Title Unit Name Date 应用案例分析--生物信息学 周纯葆 中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心 zhoucb@sccas.cn * * 目录 生物信息学计算特点 并行计算主要方法 常用并行策略 应用案例分析 * * 生物信息学计算特点 数据计算无相关性 比对 数据挖掘 ...... * * 并行计算主要方法 域分解（Domain decomposition） 划分的对象是数据。可以是算法的输入数据、中间处理数据和输出数据 不同数据项同时完成相同操作 可扩展性随数据规模而增长 * * 并行计算主要方法 功能分解（Functional Decomposition） 划分的对象是计算。将计算划分为不同的任务，其划分对象出发点不同于域分解 不同计算或任务同时完成的并行 若