海水养殖场底泥中细菌遗传多样性研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

中山大学硕士学位论文海水养殖场底泥中细菌多样性研究 中山大学硕士学位论文 海水养殖场底泥中细菌多样性研究 生物化学与分子生物学 硕士生：孙睿 指导教师：陈月琴教授 摘要 目前随着我国海水养殖规模的不断扩大和海洋近岸无序地向海洋排放污染 物，致使近岸养殖的生态环境不断恶化，养殖动物的病虫害发生率不断增加，造成 了极大的经济损失。在养殖场中大量的残饲料、死亡的生物体及生物的排泄物等无 法及时分解沉积到底部，不断积累，与泥沙混合，形成养殖池塘特有的淤泥生态环 境，十分适合于某些微生物的生长。有报道表明养殖场底部淤泥对养殖环境会产生 十分重要的影响，因此研究养殖场底泥的生物多样性也就成为和海水养殖生态相关 的研究课题之一。 本文采用不依赖于培养的分子生物学技术，以细菌核糖体小亚基16SrRNA作 为分子指标，对中国福建沿海的对虾养殖池的底泥样品进行了细菌多样性研究。我 们通过提取8—10厘米深的底泥样品的总DNA，构建了细菌16SrRNA基因文库，并 对嵌合体筛选后的克隆子进行了全序列测定。在国际核酸数据库中进行BLAST同源 序列搜索后，对所获得的序列相关类群进行了系统发育分析。 通过我们对细菌16SrRNA基因文库分析，共得到了12条克隆序列。其中有7 个克隆子与变形杆菌(proteobacteria)相似，为文库中的优势类群，其余克隆子则 分别与梭菌、高G+C含量的革兰氏阳性放线菌、芽孢杆菌相似，还有的细菌则与 未培养的环境样品中分离出的细菌高度相似。通过对这些克隆子的系统发育分析， 我们对其遗传多样性和养殖生态的关系进行了研究。同时本文也对所得克隆序列进 行嵌合体分析时所用方法进行了阐述和分析。 关键词：细菌，16srRNA，遗传多样性，嵌合体 中山丈学硕士学位沦文ABSTRACT 中山丈学硕士学位沦文 ABSTRACT Biochemistry and Molecular Biology Candidate：Sun Rui Supervisor：Prof Chen Yueqin With the development of marine aquiculture and the drainage of sewage in disorder in coastfl region of China，the environment of the aquafarm is being deteriorated，which causes increasing the frequency of disease in marine culture and the economic losses，The sediment of marine culture pond plays a very important role in the ecological process in this place for kind of specific silt forming with sedimentation of lot of feedstaff vestiges，animal carcasses and feces tO its bioactive surface．The silt，which is suitable for microbe growth and repofled keeping close relationship with aquaculture environment， has been a hot research field in the micro biodiversity well marine culture． The study focuses the bacterial diversity of marine culture sediment 8-10cm beneath from aquafarm of Fujian province in China with culture·independent molecular Phylogenetic approach．The 16S rRNA genes were amplified from the bulk DNAs of the sediment and the PCR products were used for cDNA library construction．A majority of the 16S rRNA clones derived from the sediment DNA were related tO the Y，理subdivision of Proteobacteria．A minor fraction belonged tO t