高产水稻土细菌多样性的培养法与非培养法比较研究.PDFVIP

土 壤 (Soils), 2008, 40 (6): 903~908 ① 高产水稻土细菌多样性的培养法与非培养法比较研究 1,2 2 2 1* 1 崔中利 ， 刘 娟 ， 曹 慧 ， 骆永明 ， 赵其国 （1 中国科学院南京土壤研究所，南京 210008 ； 2 南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室，南京 210095 ） 摘 要： 利用细菌的通用引物扩增江西余江县高产水稻土红壤细菌总 DNA 和平板培养细菌混合总 DNA 的 16S rDNA 基因片段，在此基础上分别建立两种 16S rDNA 文库（文库 a 和文库 b ）。从两个文库中各随机挑选 100 个克隆，扩增出阳 性克隆中的插入片段后选用 Hha Ⅰ和Rsa Ⅰ 两种四碱基酶进行 ARDRA （amplified rDNA restriction analysis ）分析。统计比较 分析发现，文库 a 的 Shannon-Wienner 指数、Simpson 指数、丰富度、均一度分别为 4.432 、0.987、18.885 和 0.973 ，均高于 文库 b 中相应的多样性参数（分别为 2.271 、0.758、5.736 和 0.501 ），即平板培养方法所展现的细菌群落结构多样性低于土壤 中原始的多样性。结果表明，传统培养方法存在着很大的局限性，必须结合新的分子生物学技术手段才能更全面完善地认识土 壤微生物群落结构多样性，以期充分利用其中丰富的微生物资源。 关键词： 水稻土红壤；平板培养细菌；16S rDNA 克隆文库；ARDRA ；多样性指数 中图分类号：S154.3 土壤是一个极为复杂的生态系统，微生物在其中 本文以红壤地区长期定位试验的高产水稻土为实 起着重要的作用，它们不仅是土壤中物质循环的驱动 验材料，构建了红壤细菌的 16S rDNA 文库，同时以 力，也直接影响到土壤的理化性质[1] ，其代谢产物还 该样品平板培养的细菌构建相应的 16S rDNA 文库， 可作为植物的养分或抗逆性物质。因此，对土壤微生 对两种文库中的克隆进行了限制性酶切多态性分析， 物多样性的研究一直是微生物生态学的重要内容。水 从另一个角度揭示红壤微生物群落结构，为改善红壤 稻土是中国最重要的耕作土壤类型，主要分布在长江 当前的生态环境，利用红壤微生物基因资源提供新的 以南的热带亚热带地区。水稻生产以获得高产为追求 解决途径。 目标，高产水稻土在面积上虽然不是稻田的主体，但 1 材料与方法 对于确保粮食生产持续稳定上升却发挥了重要的作用 [2] 。研究其中的微生物群落结构多样性以及微生物在 1.1 土壤样品采集 稻田生态系统中的作用有助于针对性地进行土壤性质 长期定位试验的高产水稻土位于中国科学院红壤 的改良，达到高产的目的。为了研究微生物在水稻土 生态实验站，该地区为中亚热带温暖湿润的季风气候， 红壤生态过程中的作用，需要了解其中的微生物种类、 年均温为 17.8℃，年均降雨量为