陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组生物信息学分析.PDFVIP

棉花学报 Cotton Science 20 17, 29(1): 17―28 陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组 生物信息学分析 1** 1,2** 1 1 1 1 1,2* 刘娜 袁吴金华 袁安亚 袁杨君 袁张艳 袁王省芬 袁马峙英 1. 河北农业大学农学院/ 教育部华北作物种质资源研究与利用重点实验室/ 河北省作物种质资源重点实验室袁 河北保定071001 曰2. 河北农业大学作物学博士后科研流动站袁河北保定071001 冤 摘要院揖目的铱抗坏血酸过氧化物酶 Ascorbate peroxidase 袁APX 冤是过氧化物酶家族中的1 类成员袁可以清除活 性氧遥APX 家族的生物信息学分析有助于更好地了解该家族基因遥揖方法铱利用生物信息学方法袁从 国农业科 学院棉花研究所提供的陆地棉序列 鉴定出14 条 基因家族序列袁并对这 14 个成员的染色体定位尧亚细 胞定位尧进化关系尧理化性质尧信号肽尧保守基序以及其编码蛋白的结构特征进行了预测分析袁并初步分析了部 分基因的表达遥揖结果铱 基因分布广泛袁分散在不同的染色体上曰且大部分APX 蛋白定位在细胞质袁是亲水 性脂溶蛋白曰有3 个保守基序袁保守性较强曰基因起源和进化比较复杂曰二级结构的主要元件为琢- 螺旋和无规 则卷曲遥根据表达分析推测袁第1 亚组和第2 亚组的基因 棉纤维发育的不同时期起作用遥揖结论铱这些结果有 望为APX 家族成员的结构与功能挖掘提供参考遥 关键词院陆地棉曰 基因家族曰生物信息学分析曰纤维发育 中图分类号院S562.03 文献标志码院A 文章编号院1002-7807 2017 冤01-0017-12 院10.11963/issn.1002-7807.20170 1003 1** 1,2** 1 1 1 1 1,2* Liu Na , Wu Jinhua , An Yaru , Yang Jun , Zhang Yan , Wang Xingfen , Ma Zhiying (1. 071001, ; 2. , 071001, ) [Objective] Ascorbate peroxidase (APX) is a type of peroxidase, which can scavenge reactive oxygen species. The ob- j ective of this study was to further characterize the gene families. [Method] Using bioinformatics methods, we identified 14 members of the gene family using the L. genomic sequence provided by the Institute of Cotton Re- search of the Chinese Academy of Agricultural Sciences. Systematic analyses focused on chromosome locations, subcellular lo- calizations