Materials Studio 培训教程学习.ppt

反应物;目的: 介绍如何使用 DMol3 和 Reaction Preview 工具进行过渡态搜索的计算。 对简 单反应，这种方法是有效的。模块: Materials Visualizer, DMol3前提: 用局域内坐标对固体进行结构优化。;1.建立一个计算模型 选择 creating a new project，建立名为vinylOH 的project 。;改为球棍显示;按下Adjust Hydrogen 按钮 ，点击一次Clean 按钮 ，拖动结构模型，使得和下图相似，以球棍模型显示。;* 在这个新的3D 界面文件中，点击O-H 键。按下键盘上的DELETE 键。点击Sketch Atom 按钮 ，然后是孤立的H 原子，以及亚甲基团中的C 原子。如果画分子有问题，则删除3D Atomistic.xsd上的原子，再进行CTRL+C、CTRL+V。;点击一次Clean 按钮 。 现在结构就和下面的看上去相似了。;现在需要把该结构的文件名改为product.xsd。右击工作浏览器Project内的3D Atomistic.xsd，将其名称改为product.xsd，回车。; 刚才指定了使用的Hamiltonian 和计算的精度。精度决定了使用的基组(basis set)和轨道的截断cutoff。这里基组为DND