用奇异值分解的方法对基因芯片数据进行主成分分析资料精.pdfVIP

生物医学信号处理特别培养计划 用奇异值分解的方法对基因芯片数据进行主成分分析 袁辉） 一． 原理简介 对基因阵列进行主成分分析，即提取主模式是一件十分有意义的工作。这里我们讨论用 奇异值分解的方法对基因阵列进行模式提取。通过奇异值分解，可以根据奇异值的大小和采 用的阈值提取出主要成分，画出图形，进而分析生理意义。在进行奇异值分解之前，对原始 数据进行标准化预处理是十分必要的。通过下面的分析也可以看出做不做预处理对结果的影 响是十分大的。之后为了证明该方法的可行性，我们对人工模拟的数据（即用正弦加噪（200 行）和指数加噪（200 行）数据及高斯噪声（1600 行）组成基因阵列），在采样点为 14 点的 情况下，用同样方法提取主模式，可以很明显的提取出正弦模式和指数模式，这证明该方法 在有噪干扰的情况下同样可以对主成分进行提取，符合基因阵列的实际情况（有噪）。但是 在对实际的基因阵列进行处理时，发现结果并不理想（主成分模式并不很有规律），原因还 要进一步探讨。最后，对模拟数据进行归类分析，通过对每个 transcriptional respone 和提 取模式求相关运算得到相关系数，然后画出散