第一讲-病原的基因组学.ppt

动物分子病原学 杨汉春 中国农业大学动物医学院 动物分子病原学的内涵 应用现代分子生物学的理论和技术，从分子、基因、基因调控和表达水平上探讨和研究动物病原（细菌、病毒、寄生虫）生命活动的基本现象和本质的一门学科，进而从本质上揭示病原体的生长繁殖、遗传变异、致病性、抗原性、耐药性等发生发展规律，为动物疫病的诊断与防制提供依据，为人工设计、改造和利用病原造福畜牧业和人类。 分子细菌学 分子病毒学 分子寄生虫学 动物分子病原学研究的领域 病原的结构与功能 病原的基因组学 病原的蛋白质组学 病原生物信息学 病原基因表达与调控 病原致病的分子基础与机制 病原的分子诊断与检测技术 病原的分子流行病学 病原的基因工程疫苗 课程内容安排 第一讲 病原的基因组学与生物信息学 第二讲 病毒研究的分子生物学技术 第三讲 病毒研究的分子生物学技术 第四讲 动物流感病毒分子生物学 第五讲 猪瘟病毒分子生物学 第六讲 动物布鲁氏菌分子生物学 第七讲 鸭肝炎病毒分子生物学 第八讲 分子寄生虫学研究进展 第一讲 病原的基因组学与生物信息学 内容提要 细菌的基因组学 病毒的基因组学 病原生物信息学 猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组与分子流行病学 关于基因组学（Genomics） 在目前的研究水平上，只要涉及生命体重要现象的课题，几乎离不开对基因及其作用的分析 2000年6月26日，人类基因组的工作草图已绘制完成。科学家把这作为生命科学进入新时代的标志，即后基因组时代(post-genome era) 基因组(Genome)一词是1920年Winkles从Genes和chromosomes组成的 ，用于描述生物的全部基因和染色体组成的概念 1953年Watson和Crick发现DNA双螺旋结构，标志分子生物学的诞生，为基因组学研究提供了分子学研究手段 1986年美国科学家Thomas Roderick提出了基因组学(Genomics)这一名词——指对所有基因进行基因组作图(包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱)，核苷酸序列分析，基因定位和基因功能分析的一门科学 以全基因组测序为目标的结构基因组学(structural genomics) 以基因功能鉴定为目标的功能基因组学(functional genomics) 一、细菌的基因组学 对细菌的全基因组进行核苷酸测定，在了解全基因的结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用功能的一门学科 1994年美国发起了微生物学基因组计划（Microbial genome project，MGP） 1995年完成了第一个细菌1.83Mb的流感嗜血杆菌基因组的序列测定 至今已完成近100株病原菌的全基因组测定（包括大肠杆菌、结核杆菌、衣原体等） 正在进行全基因组测定的有近200株 （一）细菌基因组的序列测定 随机测序 鸟枪法 人工转座子法 定向测序 引物测序法 定向缺失法 （二）细菌基因组的注释 碱基组成分析 开放阅读框的鉴定 编码序列分析 tRNA基因检索 rRNA基因的鉴定 特殊序列的检索 复制原点鉴定 同源性基因检索 1、碱基组成分析 最基本的工作，也是最易于完成的 可通过软件来完成这种统计工作 可以弄清一个基因组的G+C含量 G+C是细菌分类的参考依据之一 2、开放阅读框的鉴定 ORF的鉴定是基因组注释中的一项重要且必不可少的工作 可采用多种软件来完成（如NCBI网站中的ORF Finder） ORF的鉴定是根据起始密码与终止密码来进行 3、编码序列分析 有专门的分析软件 确定一段序列为编码序列，除考虑起始密码与终止密码而外，还应考虑： 编码序列上、下游的“语法结构”特征，例如核糖体结合位点及启动子 编码序列以及非编码序列中使用的核苷酸语汇 编码序列的分析有助于确定哪些ORFs可能是真正的基因 4、tRNA的基因检索 tRNA有特殊的“三叶草”结构特征 有专门用于鉴定tRNA基因的软件（如DNAStar） 5、rRNA基因的鉴定 利用细菌rRNA结构特征，可用于细菌的鉴定与分类 可用已知的16s rRNA序列鉴定基因组中含有的rRNA基因 6、特殊序列的检索 重复序列 插入序列（IS） 转座子（Tn） 致病岛（毒力岛） 7、复制原点鉴定 细菌的复制原点有其特殊结构特征 如大肠杆菌的复制原点称为oriC，为一段245bp的序列，其中包括4个核苷酸9聚体“TTATCCACA”，4个9聚体有两个按同一方向排列，另外两个按相反方向排列。9聚体序列是dnaA蛋白的结合位点，9聚体结构称为dnaA框 基因组序列中的“1”号碱基通常从复制原点开始 8、同源性基因检索 检索基因组中的每一个ORF 采用NCBI的BLAST软件 （三）细菌基因组功能学研究 类比法 比较法 1、类比法 通过已有的数据库同源性搜索鉴定毒