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五. 处理分子晶体：尿素 目的: 介绍晶体建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project 引言 在工业制造过程的某些阶段，医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等都是晶体材料。对这些材料进行模拟，可以扩展我们对它们的认识，最终帮助我们控制其性质，例如溶解性、储藏期限、形态、生物药效率、颜色、抗震性、气压和密度等。在本练习中，我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶体材料的模拟。 内容 1. 打开分子晶体文档 2. 计算氢键 3. 调整晶胞显示的范围 4. 改变晶胞显示风格 5. 检查urea晶体中氢键的连接;1. 打开分子晶体文档 * File / Import，打开输入结构对话框。 * Examples / Documents / 3D Model / urea.msi，单击 Import 按钮，输入 urea晶体的晶胞结构。 * 注意，文件由 .msi 改为 .xsd。;计算完成后，氢键以蓝色的虚线显示。;3. 调整晶胞显示的范围 在urea的3D viewer上单击右键，在快捷菜单中打开Display Style对话框，点击Lattice 栏，将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数（Max）改为2.0。那么现在我们就可以得到一个2x2x2 的尿素晶体了，更清楚地看到氢键。;4. 改变晶胞显示风格 在Lattice 栏中，选择None，关闭对话框，将去除晶胞边界线。;5. 检查urea晶体中氢键的连接 *单击 Reset View 按钮 ，然后使用键盘上的上、下、左、右键，按照45°为单位旋转晶胞，观测氢键网络。;;1. 建立?－石英晶体 * File / New... ，在出现的对话框中，选 3D Atomistic ，然后单击 OK 按钮，打开一个新的3D Viewer 。 * 在Project Explorer 中，新的3D Viewer 是 3D Atomistic.xsd 。选中 3D Atomistic.xsd，按右键， 选择 Rename ，键入 my_quartz_alpha ，按ENTER 完成命名。;* 选择 File / Save ，这样就在my quickstart project 中建立了一个名为my_quartz_alpha.xsd 的 3D Atomistic 文档。;1;2. 加入硅原子和氧原子 由于已经定义好了晶体的对称性，只需要加入一个硅原子和一个氧原子，那么根据对称操作，会产生整个晶体的相应原子。 从Build 菜单中选择Add Atom。此选项会打开Add Atom 对话框，也可以在Atom and Bond 工具栏上单击Add Atoms按钮 ，打开Add Atom 对话框。 进入Options 栏，确认Test for bonds as atoms are created 被选中。当该选项被选中的时候， Materials Studio 会在晶体建造过程中，自动产生相应的键。 Materials Studio也有一个通用的Bond Calculation 工具，可以从Build 菜单中调用，该工具允许你选择、编辑并定义最佳的成健方案。在本例中，默认值就已经足够了。 仍然在Options 栏中，确认Coordinatie System 是Fractional。; 进入到Atoms 栏中，从Element 下拉菜单中选择Si，并输入相应的a、b、c 数据。a=0.480781, b=0.480781, c=0.0。 Si 原子和其对称原子加入到晶胞内。 ; 同样的，我们可以加入氧原子。氧原子的参数为a=0.150179，b=0.414589，c=0.116499。氧原子和其对称原子加入到晶胞内，程序会自动计算并加入相关的键。;2;* 按住Ctrl键，选中所有的O原子。 在quartz_alpha.xsd的3D Viewer上单击右键，选中Display Style，将O原子的颜色改为;* Materials Studio 提供了 3D Atomistic Collection documents ，在这样的文件中，可以显示几组原子或分子，组与组之间无作用。用于晶体与晶体之间、分子与分子之间结构的比较。 * File / New... 打开 New Document 对话框，选中 3D Atomistic Collection ，单击 OK 按钮??;* 在 Pr