3-分子动力学方法-微正则系综解析.pptVIP

三、分子动力学方法 §3.1 常规等容方法(NVE系综) 分子动力学模拟是一种用来计算一个经典多体体系的平衡和传递性质的方法。经典这个词意味着组成粒子的核心运动遵守经典力学定律。 真实实验：准备试样，将试样同一测试仪器连结，在一定的时间间隔内测量一下感兴趣的性质。如果测定服从统计噪音，那么测定的次数越多，结果就越准确。 分子动力学模拟：准备试样：选择一个由N个粒子组成的模型体系，解体系的牛顿运动方程直到体系的性质不再随时间改变（体系达到平衡）。平衡以后，就进行实际的测定。 模拟和实验容易犯的错误很相似：如试样未准备好，测定时间太短，体系在实验过程中经历一不可逆的变化，或者并未测定相要测定的量。 温度 在分子动力学模拟中，测定一个可观测的量，必须能将这一量表达为体系中粒子的位置与动量的函数。例如，对温度的方便定义是采用在所有自由度上的等配分能，以使它们以二次型进入哈密尔顿函数。 实际过程中，温度是由测量体系的总动能除以体系的自由度数Nf(对总动能固定的体系Nf=3N-3，N是粒子数)得到。由于体系总动能涨落,体系的瞬时温度也随之改变 温度的相对涨落的数量级在 左右。因此要达到温度的一个准确的估计,应对许多涨落进行平均才行。 程序 对分子动力学模拟的最好介绍就是考察一个程序。程序按以下方式构成。 1）读入指定运算条件的参数（如初始温度、粒子数、密度、时间等）。 2