上海遗传学会复旦大学生命科学院联合基因科技.PPTVIP

(Gene chip) 基 因 芯 片 概 况 概 念 产 生 及 发 展 类 别 原 理 应 用 发 展 与 展 望 定义 传统技术的不断改进 基因信息分析规模不断扩大 -人类基因组计划的需求 （Human Genome Program) -后基因组时代的需求 基因芯片的历史 基因芯片的制备方法 原位合成的寡核苷酸点阵 微量点样的寡核苷酸点阵或cDNA点阵 微流路生物分析仪(lab-on-chip) 其他：电子芯片、三维芯片 致病微生物毒力基因、抗药基因、致病因子的筛选检测 研究感染微生物基因组，进行菌种鉴定 监测受感染宿主基因表达改变，研究致病微生物致病机制 了解药物对微生物基因表达的影响，研究药物作用机制 小结 基因芯片是近年分子生物学研究的热点 应用前景广泛 目前国内刚刚起步 亟待开发分类基因芯片以满足不同研究需要 芯片制备专业化程度高，基因芯片成本高，检测设备较贵，限制了临床大规模使用 完善与基因芯片分析有关的计算机应用软件 * 基因芯片 将大量靶基因片段有序地、高密度地（一般大于400点/平方厘米)排列在玻璃、硅等载体上，称之为基因芯片，也称为基因微矩阵(microarray)。 样品核酸分子可以用同位素法、化学荧光法、酶标法标记，与固定在载体上的DNA阵列中的点同时杂交，用激光或CCD摄像头扫描仪读取数据，计算机图像处理系统进行数据分析，以达到其准确、快速、高效和高通量地分析生物基因信息的目的。 基因芯片的产生背景 多点Dot blot Southern blot Northern blot Dot blot 基因芯片 1992年世界第一块原位合成基因芯片在美国Affymetrix诞生 1995年世界第一块微矩阵基因芯片在Stanford大学实验室诞生 -- Science. 1995,270: 467-470 八十年代末期俄美科学家提出杂交法测序 芯片常用制备方法的比较 原位合成 高密度（可达40万点/1.6平方厘米） 25bp DNA 测序分析，寻找点突变 微量点样（针点、喷墨〕 较高密度（可达10万点/6.5平方厘米） 500~5000bp DNA、抗体抗原、受体药物等 对比分析 基因芯片技术流程 制备方法及点样仪器 探针的制备：标记方法 杂交：杂交液、杂交温度、 洗涤条件的选择 扫描仪:激光 CCD 分析软件的开发 基因芯片的制备 杂交 检测 数据分析 一、制备基因芯片 1、靶基因的获得 细胞或组织mRNA?cDNA文库?PCR扩增?各种基因序列 2、芯片基质的选择及活化 载玻片?表面涂氨基硅烷或多聚赖氨酸 3、点样仪点样 二、制备样本核酸探针 1、样本总RNA的抽提：异硫氰酸胍 2、mRNA的分离与纯化：oligo－dT 3、反转录并标记 随机引物法逆转录 标记物：同位素、荧光染料(cy3-绿色/cy5－红色)、化学发光 三、杂交实验条件 杂交 杂交体积(使核酸浓度增加10万倍） 玻片: 2-200?l 滤膜：5-50ml 杂交液和杂交液的组份 杂交温度、时间 洗涤 洗涤液的组成 洗涤的温度、时间 四、杂交信号的检测 1、激光共聚焦扫描 光源：特定波长的光 激发面积：100?m2 ScanArray 3000 2、CCD 成像术 光源：连续波长的光（如弧光灯） 激发面积：同时激发多个1cm2 五、芯片数据的处理和分析 图像的处理 数据的获取、存储与显示 芯片数据统一化 芯片数据的统计学分析 芯片数据的生物学分析 基因芯片 芯片测序 药物研究 基因图绘制 农林业 表达分析 突变检测 军事、司法 疾病诊断 ……. ……. ……. ……. 基因芯片技术的应用 一、芯片测序 1，未知序列的DNA与大量的寡核苷酸集合的杂交 2，完整的双链体的寡聚物的鉴定与分析 3，重建DNA序列 一百万个12核苷酸的点阵可测定1000个碱基的序列 二、突变检测 三、基因图谱绘制 已知序列的基因多态性的探测及基因全序列的测定 四、大规模基因表达平行性分析 测定和识别细胞谱系和组织间有差异表达的基因，以及某项干预前后同一细胞差异表达的基因。 四、药物筛选 西药 中药 功能食品 筛选药物作用的靶标 筛选药物的有效成份 筛选药物的毒副作用及致畸致突变作用 五、临床实验室诊断 (1) 高度的灵敏性和准确性 (2) 快速简便 (3) 可同时检测多种疾病 (4) 自动化程度高 (5