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DS2.5使用教程
DS2.5使用教程
小分子
画图:小分子结构用chemidraw画好。
另存为mol格式,文件名不支持中文。
Check快捷键为V
启动DS2.5打开小分子 File→open
注意:
Minimization
搜Minimization
单击Tools中的Minimization,屏幕左侧,Tools栏展开
Simulate structures:
Forcefield:选CHARMm
单击Apply Forcefield
单击展开区最下方 Minimization
准备
搜prepare
单击protocols下的prepare Ligands 屏幕左侧展开
双击屏幕左侧展开区 prepare Ligands
屏幕右下角出现 prepare Ligands 的相关表
Run (F5)
Job提示运行结果 双击查报告
蛋白质
蛋白质从/pdb下载,或在DS中用open URL功能输入protein ID号
打开(同小分子)
去水:选中左任务栏中的water,Delete
加H:点chemistry到Hydrogens到H Add
准备
搜prepare命令,单击Protocols中的prepare protein命令区展开,双击prepare protein,单击Run(F5),右下角Job区显示进程,sucess后可双击看结果
定义活性位点
选中配体小分子(如果有)
搜define命令
Tools中单击define and edit binding site下面的define sphere from selection
删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接
对接
搜cdocker命令
点Protocols中Receptor-Ligand Interactions下面的Dock Ligands(CDOCKER)
展开左侧栏
双击Protocols中的Dock Ligands(CDOCKER)
右下侧表中Input Receptor:选protein
Input Liands:选小分子
Input site sphere 一定要选上
Run
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