D27-HPC应用调试—气象领域.pptx

中尺度数值天气预报模式WRF 安装与调试法律条款对本文档的任何使用均被视为完全理解并接受本文档列举的所有法律条款。本文档的所有权利归作者所有，作者保留所有权利。若本文档的保密级别为“公开发布”，允许学术使用，未经作者书面授权，禁止商业使用。若本文档的保密级别为“内部资料”，仅授权曙光信息产业（北京）有限公司的在职员工使用。若本文档的保密级别为“核心资料”，未经作者书面授权，禁止任何形式的使用。对本文档的使用形式包括但不限于存储、出版、复制、传播、展示、引用、编辑。使用过程中不得对本文档作任何增减编辑，引用时需注明出处。商业使用是指在商业活动中或有商业目的活动中的使用。学术使用是指以技术交流或学术研究为目的的使用。实施任何侵权行为的法人或自然人都必须向作者支付赔偿金，赔偿金计算方法为：赔偿金 = 涉案人次×涉案时长（天）×涉案文档份数×受众人次×基数×1元人民币，涉案人次、涉案时长、涉案文档份数、受众人次小于1时，按1计算。若保密级别为“公开发布”，基数为100；若保密级别为“内部资料”，基数为1000；若保密级别为“核心资料”，基数为10000.对举报侵权行为、提供有价值证据的自然人或法人，作者承诺奖励案件实际赔偿金的50%.作者不保证文档内容的正确性。对文档的使用后果，作者不承担任何责任。涉及本文档的法律纠纷由作者所在地法院裁决。本文档所列举法律条款的最终解释权归作者所有。WRF简介WRF简介Weather Research ForecastARW（Advanced Research WRF）和NMM（Non-hydrostatic Mesoscale Model）区域天气和气候模拟， 都是NMMWRF源码下载地址：/wrf/src//wrf/src/支持MPI、OpenMP、MPI+OpenMP等并行计算方式WRF简介运行WRF所需要的软件所需的软件WRF源代码HDF5库NetCDF库MPI库编译器从性能优化的角度考虑如何选择以上软件的类型以及版本WRF版本的选择常用的WRF版本3.8.x3.9.x常见的NetCDF版本3.6.x4.x.x各版本NetCDF库分析NetCDF 3.6.3是NETCDF3系列的最后一个版本，底层采用自己设计的数据模型，称为传统数据模型推荐使用NetCDF 4.x.x，并且使用HDF数据模型， NETCDF4的HDF数据模型，具备数据压缩功能，这样WRF生成的数据文件会小一些NetCDF 4.1.3之后C库与Fortran分开，需要分别编译安装NetCDF 4.1.3中存在已知bug，可修改源码后使用MPI库的选择常见的MPI库OpenMPIMVAPICH2MPICH2Intel MPI各MPI库WRF测试性能分析MPICH2不支持Infiniband的rdma模式，不推荐使用在WRF测试中，Intel MPI和MVAPICH2比OpenMPI要好一些，各种选项更加灵活MVAPICH2是开源的，优先推荐使用MVAPICH2编译器的选择常见的C/C++/Fortran编译器GNUIntelPGI各编译器WRF测试性能分析GNU编译器性能较差，不推荐使用Intel编译器和PGI编译器性能相当Intel编译器Linux版有免费教育版，PGI仅有商业版Intel编译器用MPI+OpenMP模式编译WRF3.8.x后可正常运行，可以支持以OpenMP模式编译运行WRF3.8.xIntel编译器12.x的向量化存在bug，使用时建议关闭向量化(-no-vec)，13.x版本没有发现相应的bugWRF编译安装流程WRF编译安装WRF编译安装WRF编译安装WRF编译安装WRF编译安装WPS编译安装WPS编译安装WPS编译安装Clusoft方式安装Clussoft方式安装./clussoft -i intel-composer_xe_2016.3.210./clussoft -i intelmpi-10 ./clussoft -i netcdf-intel-4.1.3 ./clussoft -i WRF版本2.2.1常见问题探讨参数设置mpirun -np $NP ./wrf.exeNP为总进程数，namelist.input参数文件：domainsnproc_x = -1,nproc_y = -1,WRF自动进行的进程分解：NP=nproc_x*nproc_y，分解原则是nproc_x与nproc_y尽量接近，且nproc_x=nproc_ynproc_x小一些，使得patch在X方向长一些，有利于运行时利用CPU的向量化加快计算速度线程栈空间设置过小Ulimit中线程栈空间设置过小发生段错误解决方法通过ulimit命令设置 （通常在.bashrc） ulimit –s unlimited修改/etc/sec