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目的：介绍分子吸附在表面时，用 CASTEP 计算电荷密度差。 模块：Materials Visualizer，CASTEP前提： CO 吸附在 Pd(110) 表面 背景 本讲义将研究相对于孤立的CO 分子和没有被干扰的Pd(110)面而言，CO 分子的成键是如何影响电子分布的。电荷密度的变化可以用两种方法计算出来。第一个选择就是计算各个分子碎片的电荷密度。这个方法便于描述如何由较小的体系组成较大的体系。该方法描绘了在发生化学反应的时候和一个分子吸附到一个表面的时候，电荷密度是如何发生变化的。本例中， CO 分子吸附在Pd(110)面上，电荷密度的变化可以表示为： Δρ = ρCO@Pd(110) - (ρCO + ρPd(110)) 式中ρCO@Pd(110) 是CO + Pd(110)体系的总的电荷密度，ρCO 和ρPd(110)分别是吸附物和基底的未受干扰的电荷密度。 另一个方法就是根据原子来计算电荷密度： Δρ = ρCO@Pd(110) - Σ (ρi) 这里，下标i 遍及所有原子。这个方法显示了由于形成全部的化学键而导致的电子分布的变化。该方法便于描述体系的化学键是如何通过原子电荷密度的离域化来形成的。电荷密度的显示有助于理解化学吸附的过程。分子会选择在哪里吸附？分子为什么会选择在那里吸附？分子稳定吸附在那里的成键机理是什么？ You will focus on one adsorption site: the short bridge site you studied in the tutorial Adsorption of CO onto a Pd(110) surface. ;内容: 1. 建立CO在Pd表面的吸附 2. 定义碎片 3. 运算 4. 显示碎片的电荷密度差; 5; ;工作递交后，开始运行。结束后出现提示信息。选择File / Save Project保存项目，Window / Close all关闭工作窗口 。;在左侧的Properties中选择Lattice 3D，从中可以看到优化后的晶格参数大约为3.95 ?，其而其实验值为3.89 ?。 ;(3) 构建Pd(110)表面;一个新的3D 模型文件打开了，它包含了一个二维周期性表面。;真空层;这样调整了方向，oc沿z轴方向。;旋转; Z 坐标有最大值的的Pd 原子被称为Pd 最上层。 在弛豫表面之前，必须把Pd 内部的原子固定住，因为现在只需要弛豫Pa 的表面。 按下SHIFT 键，选中除了最上层的Pd 原子之外的所有Pd 原子。;Pd 体内的原子被固???住，可以通过改变显示颜色查看被限制了的Pd 原子。 在3D 模型文件内，点击取消选择原子。右击文件，选择Display Style。在Atom 标签栏上的Coloring 区域，把颜色选项改为Constraint。 现在这个3D 模型文件如下所示：;选择工具条中的File | Save As...。浏览到(1x1) CO on Pd(110)文件夹，把文件名改为(1x1) CO on Pd(110)，按下Save 按钮。 选择File | SaveProject，然后then Window | Close All。;(4). 把CO 分子添加到1 x 1 Pd(110)表面并优化此结构 现在的工作对象是(1x1) Co on Pd(110)文件夹内的结构。在Project Explorer 内，打开(1x1) CO on Pd(110)文件夹内的(1x1) CO on Pd(110).xsd 文件。现在把CO 分子添加到短桥键位置的上方。上一讲已根据实验事实来确定了键的长度，这里直接使用已有的结构数据。; 如果要知道所建立的模型正确与否，可以使用Measure/Change 工具。 点击与Measure/Change 工具相关联的选项箭头，选择Distance。点击Pd-C 键。键长显示为1.928?，接近实验值1.93?。; Pd 的起始对称性是P1，但是随着CO 分子的引入发生了改变。 可以通过运用Find Symmetry工具找到并加上对称性。 选择工具条上的Find Symmetry 工具，按下Find Symmetry 按钮，然后按下Impose Symmetry按钮。 现在的对称性是PMM2。; 现在开始优化结