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网络出版时间：2016-01-19 12:25:21
网络出版地址：/kcms/detail/51.1196.TP1225.018.html
优先出版 计 算 机 应 用 研 究 第33 卷
面向新一代基因测序数据的拼接算法综述*
1 1 1* 2
颜 珂 ，何 威 ，徐 勇 ，张 健
(1 ．哈尔滨工业大学深圳研究生院 智能感知与生物信息学创新团队，广东 深圳 518000 ；2 ．深圳信息职业技术学院 软
件学院，广东 深圳 518000)
摘 要：随着新一代基因测序技术的不断发展，越来越多的物种通过全基因组鸟枪法拼接算法获得全序列。针对新一代
DNA 测序数据存在reads 长度短，高覆盖度且存在错误数据等特点，研发满足实际应用的拼接软件，是序列拼接领域迫
切的研究课题。本文探讨了全基因组序列拼接面临的挑战，研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程，分析各
种算法的优缺点和适用范围，其中包括：基于贪心图算法、基于OLC 图算法，基于DeBruijn 图算法等，并根据不同的
标准列举了几类拼接算法之间的差异性，最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议。
关键词：生物信息学；全基因组序列拼接；高通量基因测序
中图分类号：TP391 ；TP301.6
Survey on assembly algorithms for next generation sequencing
1 1 1* 2
Yan Ke , He Wei , Xu Yong , Zhang Jian
(1. IntelliSense Bioinformatics Innovation Team, HIT Institute of Technology Shenzhen Graduate School, Shenzhen
Guangdong 518000, China; 2. Dept. of Software Engineering, Shenzhen Institute of Information Technology, Shenzhen,
Guangdong 518000, China)
Abstract: With the continuous development of the next generation sequencing. more and more species whole genomes are
obtained by whole genome shotgun assembly algorithms. On condition that next genome sequencing data typically present
shorter read lengths. high coverage. and different error profiles. development of the sequencing assembly software that could
meet practical application has become the most important research t
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