遗传变异与肿瘤防治.pptVIP

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2019-10-24 发布于湖北
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遗传变异与肿瘤防治.ppt

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影响基因的转录影响基因产物蛋白的功能影响mRNA剪切和/或稳定性影响microRNA结合和/或mRNA翻译吴晨教授谭文教授于典科副教授常江博士翟侃博士李栋博士卫丽绚博士生郑健博士生黄旭东博士生杜忠礼博士生詹启敏教授刘芝华教授寻找相关的基因和功能位点 r2 = 0.77 KIT基因 rs6554199GT变异位于KIT基因上游1.6 kb，可能是KIT基因调控区 rs6554199 rrs6554198 r2 = 1.00 Survival Probability 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) Survival Probability Survival Probability GG GT TT GG GT TT GG GT TT rs6554199GT变异与食管癌术后放疗生存的关系 P=0.0022 P=0.0017 P=3.6 x 10-5 HR=1.45, 95% CI=1.19?1.78 HR=1.72, 95% CI=1.21?2.44 HR=1.50, 95% CI=1.27?1.78 rs6554198A/G等位基因与核蛋白的相互作用 A等位基因和G等位基因序列与核蛋白的结合模式和能力无显著差异 Probe Band 1 Band 1 Nuclear Extract Lane ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 rs655419899T r rs6554199G rs6554199T －－ 10X 100X －－－－－ 100X －－－－－－－ 100X 10X 100X rs6554199T: 5′-ACAGAGACCTTTTGTATTTCAGTTC-3′ rs6554199G: 5′-ACAGAGACCTTTGGTATTTCAGTTC-3′ rs6554199G/T等位基因与核蛋白的相互作用 A等位基因和G等位基因序列与核蛋白的结合模式有显著差异 Band 1 Band 2 Probe 与rs6554199位点结合的核蛋白质谱分析结果 100 70 55 40 35 25 10 kDa 0 150 50 100 Peptide Score 5 4 3 2 1 0 Number of Matches (1e+2) No. Protein Score Matches 1 sp|P06748|NPM 2392 57 (51) 2(1) sp|P13645|K1C10 685 17 (17) 2(2) sp|P08727|K1C19 93 4 (4) 2(3) tr|K7EMS3|K7EMS3 73 3 (3) 3(1) sp|P04264|K2C1 647 18 (18) 3(2) sp|P35908|K22E 349 12 (11) 3(3) sp|P13647|K2C5 185 5 (5) 3(4) sp|P02538|K2C6A 172 6 (5) 4 sp|P35527|K1C9 640 20 (16) 5 sp|Q8TDN6|BRX1 246 8 (8) 6 tr|H7C2Q8|H7C2Q8 186 7 (5) 7 tr|Q5QPL9|Q5QPL9 114 6 (5) 8 sp|Q13247|SRSF6 87 2 (2) 9 tr|G5E9V5|G5E9V5 70 2 (2) 10 tr|H0YH81|H0YH81 62 3 (2) NPM: Nucleophosmin Marker G-allele T-allele Nuclear Extract Lane ? ? ? ? ? 1 2 3 4 5 6 ? ? 7 NPM p-NPM Sp1 Oct-1 IRF-8 ? ? Antibody rs6554199G 5′-ACAGAGACCTTTGGTATTTCAGTTC-3′ Supper shift band Probe Band 1 NPM抗体抑制核蛋白与rs6554199G序列