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五. 处理分子晶体：尿素 目的: 介绍晶体建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project 引言 在工业制造过程的某些阶段，医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等都是晶体材料。对这些材料进行模拟，可以扩展我们对它们的认识，最终帮助我们控制其性质，例如溶解性、储藏期限、形态、生物药效率、颜色、抗震性、气压和密度等。在本练习中，我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶体材料的模拟。 内容 1. 打开分子晶体文档 2. 计算氢键 3. 调整晶胞显示的范围 4. 改变晶胞显示风格 5. 检查urea晶体中氢键的连接 1. 打开分子晶体文档 * File / Import，打开输入结构对话框。 * Examples / Documents / 3D Model / urea.msi，单击 Import 按钮，输入 urea晶体的晶胞结构。 * 注意，文件由 .msi 改为 .xsd。 2 7 6 5 4 3 1 计算完成后，氢键以蓝色的虚线显示。 2. 计算氢键 * 从菜单中选择Build / Hydrogen Bonds，该操作会打开氢键计算对话框。 * 注意，你可以使用不同的方案和键几何参数来计算氢键，可以产生并保存自己的方案。 * 在这里，我们将使用默认的设置，单击Calculate按钮 。 * 注意，该计算也可以在Atom and Bond 工具栏上，使用Calculate Hydrogen Bond 按钮 来进行计算。 * 单击 ，关闭Hydrogen Bond Calculation 对话框。 1 2 3 4 作业2：什么是氢键？ 3. 调整晶胞显示的范围 在urea的3D viewer上单击右键，在快捷菜单中打开Display Style对话框，点击Lattice 栏，将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数（Max）改为2.0。那么现在我们就可以得到一个2x2x2 的尿素晶体了，更清楚地看到氢键。 3 2 1 4. 改变晶胞显示风格 在Lattice 栏中，选择None，关闭对话框，将去除晶胞边界线。 5. 检查urea晶体中氢键的连接 *单击 Reset View 按钮 ，然后使用键盘上的上、下、左、右键，按照45°为单位旋转晶胞，观测氢键网络。 Up key 六. 构造－石英晶体 目的: 介绍晶体建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project 引言 对无机晶体材料进行建模是一个重要的领域，特别是对于有关的应用，例如多相催化剂的设计（如沸石催化剂），在石油、天然气探测中的矿物采样分析等。本教案通过构造－石英晶体，介绍一些Materials Studio晶体建模的功能。 内容 1. 建立－石英晶体 2. 加入硅原子和氧原子 3. 对比－石英晶体结构的两种版本 1. 建立－石英晶体 * File / New... ，在出现的对话框中，选 3D Atomistic ，然后单击 OK 按钮，打开一个新的3D Viewer 。 * 在Project Explorer 中，新的3D Viewer 是 3D Atomistic.xsd 。选中 3D Atomistic.xsd，按右键， 选择 Rename ，键入 my_quartz_alpha ，按ENTER 完成命名。 1 6 2 3 5 4 * 选择 File / Save ，这样就在my quickstart project 中建立了一个名为my_quartz_alpha.xsd 的 3D Atomistic 文档。 * 在新建的my_quartz_alpha.xsd 3D 文档中，从Build 菜单选择Crystal下的 Build Crystal...，打开相关的晶体模建对话框。在Space Group 栏中，选择 Enter Group，输入P3221，并且按下Tab 键进行确认。也可以从下拉菜单中选 择该空间群；如果你知道该空间群的序号，也可以直接输入该序号。 * 在Lattice Paramenters 栏中，在相应的地方输入Alpha