HPC用户环境设置.ppt

NUIST HPC使用讲座 —— 用户环境设置 刘建宇 2015-04-14 ！！！声明！！！ 这里讨论的用户环境设置是基于目前（2014年）的NUIST HPC的配置上进行的 相关的用法、设置方式等有一定的普遍性，也有本地局限性 这里讨论的用法、设置方式，在不同的系统及配置下可能不适用 这里讨论的用法、设置方式，可能有不全面或不足之处 仅供参考，谨慎使用 3/Public/User_Environment.pdf 仅校内可访问 用户环境设置方式 静态设置 直接在用户环境文件（.bashrc, kshrc, cshrc等）中设置具体的路径信息 在脚本中硬编码嵌入具体的路径信具体的路径信息 适用于单一或静态的环境 设置简单，不需要特殊的脚本编程知识 动态设置 使用“modules” system，例如 Environment Modules / Lmod /projects/lmod/ 适用于多版本共存，需要动态切换的复杂环境 需要相应的脚本编程知识 用户环境变量 PATH 可执行程序的搜索路径 当前路径”.”不是缺省搜索位置 从安全角度考虑，缺省设置没有把”.” 添加到可执行程序搜索路径中 当前路径”.”不在可执行程序搜索路径中时，执行当前路径下的可执行程序时，必须指明当前路径信息“./”，例如；”./hello” 从方便角度考虑，可以在自己的用户环境文件中在PATH环境变量中添加当前路径”.” LD_LIBRARY_PATH 运行时，除了ld.so.conf中设置的缺省路径之外的其他共享库的搜索路径 该路径在缺省路径之前查找 跟编译时库搜索路径没有关系，编译的时候还是该加-L就得加，不要混淆 该变量只适用于Linux，其他系统如，AIX, Mac OS X等不使用该变量 MANPATH 帮助命令man搜索man page的路径 应用程序环境变量 根据具体的应用程序而定，例如，NETCDF, NCARG_ROOT等 用户环境变量(续) 以下环境变量慎用，可能会与预期的工作方式不同 FPATH KSH的shell function的搜索路径 可用于头文件搜索路径 (Linux OS and Mac OS X) LIBRARY_PATH gcc 编译期间查找动态链接库时指定查找共享库的路径 不是所有编译器都会使用该变量 C_INCLUDE_PATH gcc 编译期间头文件的搜索路径 不是所有编译器都会使用该变量 CPLUS_INCLUDE_PATH g++ 编译期间C++头文件的搜索路径 不是所有编译器都会使用该变量 用户环境变量(续) 编译相关的通用约定环境变量 以下环境变量仅为通用约定，具体的应用程序不一定遵循这些约定 使用遵循通用约定的configure/make时，如无具体设置这些变量，则会调用缺省的编译设置 使用Environment Modules 常用命令 列出加载的模块 – module list 列出可用的模块 – module avail 加载指定的模块 – module load 卸载指定的模块 – module unload 切换不同的模块 – module switch 使用自定义module 需要首先加载 use.own 模块 把自定义的模块放$MODULEPATH中定义的用户自定义模块路径下，一般为$HOME/privatemodules 或 $HOME/.privatemodules module 脚本的编写采用tcl/tk（http://tcl.tk/） 可参考$MODULEPATH中定义的模块路径下的脚本来改写自己的module脚本 加载Module时按$MODULEPATH中定义的路径顺序搜索，使用第一个匹配的项目 Environment Modules注意事项 ‘module load’ 为前添加方式 后加载的模块的路径在最前面 在搜索路径时，按路径顺序搜索，使用搜索到的第一个匹配项目 某些模块需要使用的库有兼容性问题 libhdf5 : matlab, hdf5 / ncl + netcdf 4.x 某些模块可能有依赖关系 netcdf 4.x, hdf5, ncl IMPI, MKL, Intel Compiler 编译模块是基础模块，大多数模块的加载都依赖于编译模块 需要首先加载编译模块，然后再加载其他的模块 加载缺省版本模块时，可以不用指明版本号 切换不同版本模块时，需要指明版本号 在module加载后，修改了module脚本，再卸载，无法完全清除旧的信息。因此，要更改module脚本时，如该module已加载，需要先卸载，再更改module脚本。 用户环境设置注意事项 对同一环境变量，同时通过module命令与静态方式分别进行设置，只有其中的一个设置会有效，例如，