分子动力学简介(简明).ppt

大型（复杂）体系和并行算法 必要性 体系越来越大 模拟时间越来越长 解决办法 制造更快的处理器 并行计算机 例子：~50000原子的生物体系，1ns模拟 单个处理器：~12天 16个并行处理器：~1天 或者 * PPT课件 MPI Message Passing Interface 90年代初制定和完善的一套并行语法 支持Fortran, C, C++ 简单易学 * PPT课件 并行计算的主要矛盾 并行效率 需要1小时 需要1/2小时 完美的并行效率 处理器的速度远远超过数据传输的速度，大量的时间花在处理器之间的信息传递上了 CPU的速度几乎是几何级数增长 内存的速度是代数级数增长 加快数据传输，尽量减少花在数据传输上的时间 数据传输硬件上的进步 算法上做文章 * PPT课件 数据复制法 每一个处理器负责处理一部分原子 每一步计算每一个处理器都要接受其它处理器负责处理的原子的相关信息 信息传输量大，使用的处理器越多并行效率效率越低 一般适合处理5-10万左右微粒的体系 N=20 n=1~5 n=6~10 n=16~20 n=11~15 1 20 14 8 12 9 19 6 16 13 15 5 2 7 17 4 11 3 10 18 实际情况 * PPT课件 区域分解法 按照体系的实际物理位置按区域划分每个处理器的处理范围 每一步计算每一个处理器只需要和相邻的处理器交换