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第一步：数据准备。 Kinship（分别有368lines 和513lines ）和population structure（分别有368lines 和513lines ）， 表型数据（539 份关联群体两年五点籽粒形状），Hapmap （513-allchrtwosteps 对应513lines， merge 开头文件对应368lines ） 第二步：导入数据。 A 、点击start-tassel ，打开Tassel ，如下图： B、点击 “Load”，然后选择“I will make my best guess and try ”导入kinship 和population 以 及表型数据。 导入kinship 和population structure 以及表型数据的时候，可以按住“Ctrl”键和文件，同时 选上这几个文件，一起导入。 C、导入成功的结果如下： D、再点击“Load”，选择“Load Hapmap”，导入基因型数据，如下图： 注意：如果导入的是368lines 的kinship 和population structure，导入的基因型是merge 开头 的文件；如果导入的是 513lines 的 kinship 和 population structure ，导入的基因型是 513-allchrtwosteps 。因为不同群体大小，对应的kinship 和population structure 以及基因型是 不同的。我们有368 的群体大小和513 的群体大小，368 的kinship 和 population structure 以及基因型得对应起来。 E、导入基因型成功后的图如下： 到这一步所有数据就导入完成了。 第三步：进行过滤。 A 、过滤population structure，先点击population structure 文件，后点击“Traits ”，如下图： 然后再弹出的对话框中去掉 “TST ”前面的勾， 点击“OK ”，就过滤成功，会生成一个以“Filtered”开头的新文件，如下图： B、过滤基因型。同样，先选中基因型文件，然后点击“Sites ”： 然后修改“Minimum Frequency”，改为0.05，如果默认是0.05 就不需要修改，然后勾选 上“Remove minor SNP atates ”，最后点击“Filter”就行了。如下图。这个过程比较长， 可能几分钟，大概10 分钟左右。 过滤成功的结果如下图，会生成一个新的文件 （图中蓝色的文件）： 第四步：进行计算。 A 、按住“Ctrl”键同时选定过滤后的基因型、过滤后的表型（表型过滤和population structure 一样，每次留下一个，如果不过滤就是所有表型一起算）和过滤后的population structure， 然后点击“ ”，取交集。如下图： B、取交集后会生成一个新文件，如下图： C、按“Ctrl ”同时选中取交集后的文件和kinship，然后点“Analysis ”， 在变换后的界面点击“MLM”， 弹出的对话框中选中 “No Compression”，然后点击“Run” 在弹出的对话框中，勾选 “Write output to file ”，然后单击“Browse”，选定保存目录。运行 完了之后文件就会自动保存到该目录下，如果不勾选，就需要将结果手动导出。 然后点 “okey ”就开始跑了。。 下面这个地方可以看到进度：