生信第一次作业参考答案.docxVIP

1、查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料: （1）有多少条序列具有完整的CDS（complete cds），分别由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？ （2）选择修改时间最早的一条序列，指出该基因exon和intron的位置。 （1）有3条序列（U37133.1，AB212799.1，AB212798.1）具有完整的CDS，长度分别为3921 bp、4623 bp和4623 bp，均编码1025个氨基酸。 第一条序列由3921个碱基构成： 编码1025个氨基酸： （2）：点击Sort by …： 点击最后一条序列： 由上图，基因外显子的区域为1到2677和3521到3921；2678到3520为内含子。 2、检索注册号在AF123456－AF123478之间并且序列长度在1500到1800 bp之间的核苷酸数据，共有多少条？如何批量下载？ 由上图，符合条件的共有17条序列； 点击“send to”，如上图所示，批量下载。 3、查找线虫(Caenorhabditis elegans)基因组的资料： （1）chromosome I的测序是否已完成？ （2）已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？ （1）： 选择Genome数据库， 点击“See Genome Assembly and Annotation report”， 由图，组装结果已经到染色体水平，chromosome I已经测序完成。 （2） 由图，chromosome I碱基，文章发表在《Science》，282卷，5396期，2012-2018页上。 4、查看拟南芥(Arabidopsis thaliana)的物种分类系谱关系(lineage) 如上图所示。 5、在PubMed中检索我校在2013年1月发表了多少篇科研论文。 由图，共发表了143篇文章。 6、2013年3月底，在上海和安徽两地率先发现了一种能感染人类的H7N9型禽流感病毒（Avian-Origin Influenza A）。中国科学家迅速分离了该病毒并进行了初步研究，首篇正式的论文4月发表在医学领域权威期刊《The New England Journal of Medicine》。目前，NCBI GenBank中已收录该病毒分离自不同病人的多个毒株的序列，以下问题如提到“新H7N9”特指名为“A/Hangzhou/1/2013”的毒株。请根据该背景资料回答以下问题。 （1）请找出这篇文献，列出其在PubMed中的PMID号。 （2）该病毒属于H7N9亚型，其中的“H”代表血凝素（Hemagglutinin），“N”代表神经氨酸酶(Neuraminidase)，分别是病毒外膜上的两种蛋白。H是病毒吸咐于细胞表面的工具，N则是病毒复制完成后脱离细胞表面的工具。请在NCBI核酸数据库（Nucleotide）中找出该毒株编码这两种蛋白的基因的序列，列出Accession号并简要写明过程。 （3）列出该毒株在NCBI物种分类数据库（Taxonomy）中的ID号。NCBI蛋白质数据库（Protein）目前收录了多少条该毒株的蛋白质序列？ （1）： 使用检索式“The New England Journal of Medicine[Journal] AND Avian-Origin Influenza A[All Fields]) AND 2013/04[PDAT]”查获该文献，PMID: （2）以“A/Hangzhou/1/2013”和Hemagglutinin为关键词直接找到所要求的基因，因此不用额外设置限定。得到HA基因Accession号为KC853766，同理得到NA基因Accession号为KC853765。 （3）点击ORGANISM链接获得下图： 可知，Taxonomy ID为1314758，收录了该毒株的10条蛋白序列。