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Fujian Agriculture and Forestry University
基因的选择压力分析
Selection Pressure by Codon-Based Analyses
Raindyok@
2013.11.30
对
于基因选择压力的检测，Phylogenetic Analysis by Maximum
Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具，但PAML的操作令不少初
学者望而却步，快速完成基因的选择压力分析，推荐使用一个在线服务器
―Adaptive Evolution Server。
网址：http://www.datamonkey.or
选择压力
Workflow
多重序列比对
Align By Condon
替换模型选择
Model selection
选择压力检测
Selection analysis
Step1：基于密码子多重比对，推荐使用MEGA软件进行，如下图：
1
? 基于Codon比对，执行后续分析前，需要删除终止密码子；
? 如果有重组序列，建议删除，因为重组序列可能影响分析结果。
2
将多重序列比对的结果导出为FASTA格式：
3
Step2 提交序列―点击“ANALYZE YOUR DATA”上传前面比对的序列文件：
4
点击“浏览”按钮后“Upload”上传比对的文件，如图：
5
6
点击“Proceed to the analysis menu”转到数据分析菜单选项：
7
Step 3 模型选择―因不知道哪种模型适合所分析的比对序列，需进行模型选择：
模型未知
运行前，需要先进行模型选择
8
若无现成模型，
根据这里设置！
9 上面的模型有现成的模型，即F81
Step4 选择相应的方法分析选择压力 在得到模型选择结果后，可以点击浏览器的返
回键（或键盘上Backspace键）返回上级操作，如下图：
10
下拉选择一种方法进行分析
9
11
12
最终生成数据结果，可以根据需要整理不同格式，如：
URL: /kcms/detail/11.1913.R1103.004.html
35:81/Jwk_zgnykx/fileup/PDF/nykx3125.pdf
Kosakovsky Pond SL, Frost SDW, Grossman Z, Gravenor MB, Richman DD, et al. (2006) Adaptation to
different human populations by HIV-1 revealed by codon-based analyses. PLoS Comput Biol 2(6): e62.
DOI: 10.1371/journal.pcbi.0020062
Sharma S, Joshi G, Dash PK, Thomas M, Athmaram TN, et al. (2013) Molecular Epidemiology and
Complete Genome Characterization of H1N1pdm Virus from India. PLoS ONE 8(2): e56364.
doi:10.1371/journal.pone.0056364
《基因的选择压力分析》
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