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位置依存スコア行列の例からの推定について 阿久津　達也 takutsu@kuicr.kyoto-u.ac.jp 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 位置依存スコア行列 スコア関数推定問題の定義 入力 正例: X1,X2,X3,… 負例: Y1,Y2,Y3,… 出力：　以下を満たす スコア関数 X1,X2,X3, … は最適 (もしくは、しきい値以上) Y1,Y2,Y3,… は非最適(しきい値以下) スコア関数推定に関する理論的結果 位置依存スコア行列の推定 入力: POS (Σ上の文字列集合、正例) NEG (Σ上の文字列集合、負例) L (モチーフ領域の長さ) 出力: PSSM f としきい値 Θ s.t. For all S in POS, there is a substring S’ of S for which f(S’) = Θ For all S in NEG, for all substring S’ of S, f(S’) Θ 位置依存スコア行列 PSSM, Score, Linear Inequality PSSM: f (S) f (S) = Σ fi (S[i]) where　S=S[1]…S[m] Xi,a=fi (a) ,S=TGCとすると f (S) =Θ は X1,T+X2,G+X