兔出血症病 毒RHDVVP60蛋白B细胞抗原.docxVIP

最新整理资料 文档精选合集 兔出血症病毒(RHDV)VP60蛋白 B细胞抗原表位的预测 Prediction of the B cell epitope for RHDV VP60 antigen 报告人：刘永相 组 员：胡 亮 秦立得 任建乐 2013.06.21 主要内容  一.研究背景二.研究流程 三.研究结论与讨论 一 研究背景 兔出血症是由兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic diseasevirus, RHDV)引起的危害3月龄以上青年兔和成年兔的一种急性、烈性、高度接触性传染病。 VP60为RHDV的主要结构蛋白，是组成RHDV衣壳的最基本单位。大量研究结果表明VP60蛋白与病毒的致病性和 免疫原性有着密切关系，是病毒的免疫保护性抗原，在诱导抗病毒感染的免疫反应中起重要作用。抗原表位 （epitope）是蛋白质抗原性的基础，是抗原分子中诱生特异性免疫应答的基本结构和功能单位。 VP60结构蛋白 上的抗原位点或表位的结构及定位, 对于阐明RHDV的结构功能及RHDV基因工程疫苗的研制、病原的检测至关重要。 本研究首先对RHDV的VP60蛋白质的B细胞抗原表位用 生物信息学方法进行预测，然后用分子生物学试验方法 进行验证。 从 80 年代 Hopp 和 Wood 提出亲水性参数对抗原表位预测的方法以来，已有许多参数、算法发表，对 B 细胞蛋白抗原表位研究起到巨大的推动作用。 现已被大众认可并具有较好预测效果的方法主要有： (1)亲水性方案(Hydrophilicity)：在机体内，疏水性残 基一般埋在蛋白内部，而亲水性残基位于表面，因此蛋白的亲水部位与蛋白抗原表位有密切的联系。 (2)可及性方案(Accessibility)：指蛋白质抗原中氨基 酸残基被溶剂分子接触的可能性。它反映了蛋白质抗原 内、外各层残基的分布情况。 (3)抗原性方案(Antigenicity)：每个氨基酸用出现在抗原 区的频率描述，此频率除以各氨基酸在所有蛋白质中的频率就可推出抗原性刻度值。 (4)可塑性方案(Flexibility)：认为蛋白抗原的多肽骨架有 一定程度的活动性，这种局部的活动性与其部位的抗原性密切相关，活动性强即柔韧性大的氨基酸残基容易形成抗原表位。 (5)电荷分布方案(Charge distribution)：认为对碱性抗原特异的抗体多趋于酸性，对酸性抗原特异的抗体多趋于碱性。 (6)二级结构预测方案(Secondary structure)：认为 β 转角结构为凸出结构，多出现在蛋白质抗原表面，利于与抗体嵌合，较可能成为抗原表位。 从调取基因序列二 研究流程 从调取基因序列 Vp60蛋白质氨基酸序列： MEGKARTAPQGEAAGTATTASVPGTTTDGMDPGVVATTSVVTAENSSASI ATAGIGGPPQQVDQQETWRTNFYYNDVFTWSVADAPGSILYTVQHSPQNN PFTAVLSQMYAGWAGGMQFRFIVAGIGVFGGRLVAAVIPPGIEIGPGLEV RQFPHVVIDARSLEPVTITMPDLRPNMYHPTGDPGLVPTLVLSVYNNLIN PFGGSTSAIQVTVETRPSEDFEFVMIRAPSSKTVDSISPAGLLTTPVLTG VGNDNRWNGQIVGLQPVPGGFSTCNRHWNLNGSTYGWSSPRFGDIGHRRG SASYPGNNATNVLQFWYANAGSAIDNPISQVAPDGFPDMSFVPFNGPGIP AAGWVGFGAIWNSNSGAPNVTTVQAYELGFATGAPGNLQPTTNTSGSQTV AKSIYAVVTGTAQNPAGLFVMASGVISTPSANAITYTPQPDRIVTTPGTP AAAPVGKNTPIMFASVVRRTGDVNATAGSANGTQYGTGSQPLPVTIGLSL NNYSSALMPGQFFVWQLTFASGFMEIGLSVDGYFYAGTGASTTLIDLTEL IDVRPVGPRPSKSTLVFNLGGTANGFSYV (1)亲水性方案(Hydrophilicity) Expasy预测：ProtScale? protein profile computation and representation ? Hphob. / Hopp & Woods \h /protscale/ 结果见图 ,VP60 亲水性区域如图，预测亲水性较高的为1-15,24-30,45-46,48,56-77,94- 102,147-153,171-185,197,199-200,203-204,213-221,229-236,252-260,269,272- 311,318,322-32