肠炎沙门氏菌感染后不同时间点鸡盲肠组织转录组分析.pdfVIP

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2020-08-20 发布于江苏
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肠炎沙门氏菌感染后不同时间点鸡盲肠组织转录组分析.pdf

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符号说明 BP biologicalprocess, ：生物过程 CC cellular component, ：细胞组分 DEG:Differentially Expressed Gene, 差异表达基因 DPI:day(s)post infection, 感染后天数 GO GeneOntology, ：基因本位论 GS gene significance, ：基因显著性 KEGG Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes, ：京都基因与基因组百科全书 miRNA microRNA, RNA ：微小 ME moduleeigengene, ：模块特征基因 MF molecular function, ：分子功能 NGS Next generation sequencing, ：第二代测序 PBS PhosphateBuffered Saline, ：磷酸盐缓冲液 PCR polymerasechain reaction, ：聚合酶链式反应 QRT-PCR Quantitativereal-timePCR, PCR ：实时荧光定量 RNA-seq RNASequencing RNA ：，测序 SE:Salmonellaenteritidis, 肠炎沙门氏菌 TOM topologicaloverlap matrix, ：拓扑重叠矩阵 TLRs:toll-likereceptor,Toll样受体 WGCNA Weighted GeneCo-ExpressionNetworkAnalysis, ：加权基因共表达网络分析目录中文摘要I ABSTRACTIII 1前言1 1.1沙门氏菌1 1.1.1 沙门氏菌病症1 1.1.2 禽沙门氏菌病2 1.1.3家禽对沙门氏菌感染的反应机制4 1.2 转录组学6 1.2.1基本定义6 1.2.2 转录组学研究方法历程概述6 1.2.3RNA-seq 的数据分析7 1.2.4 转录组测序在家禽中的应用10 1.3抗病遗传育种11 1.3.1抗病遗传育种的必要性11 1.3.2 抗病育种遗传基础12 1.3.3 抗病遗传育种的途径12 1.4 本研究的目的与意义13 2材料与方法14 2.1试验材料14 2.1.1试验仪器14 2.1.2 试验试剂14 2.1.3 生物信息学主要数据库及分析软件15 2.1.4 常用试剂的配制15 2.1.5 试验动物及菌种16 2.2 试验方法16 2.2.1 肠炎沙门氏菌接种及样品采集16 2.2.2 组织总RNA 提取16 2.2.3 测序文库制备17 2.2.4 原始测序数据处理18 2.2.5基因的差异表达分析19 2.2.6 GO KEGG 19 差异表达基因的和富集分析 2.2.7加权基因共表达网络分析19 2.2.8 差异表达基因的QRT-PCR 验证21 3 结果与分析23 3.1测序数据质量评估23 3.2 序列比对23 3.3 差异表达基因的鉴定25 3.4 差