beast系列软件使用[参考].pdfVIP

个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、File-—Import Data—打开 NEXUS(beauti 软件的 NEXUS 文件与 PAUP 软件的有不同) 文件打开后显示为 2 、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序 列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先,设置分布在相应分歧时间 的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可 以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个 分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击 “+ ”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的 分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在 MCMC 分析的时候保持单 源。最后可以得到类似： 3、选择 substitution model 这里主要是模型的选择 substitution model 中主要为三个模型HKY GTR TN93 根据模型构建来选择 1 / 6 Base frequencies 中Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model 中None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None(假定物种的进化保持相同的速率) Gamma （物种的进化 不是相同的速率）Invariant sites （数据中的某些位点从未经受任何进化上的 改变，其进化速率是相同的） Partition into codon positions 中off/2 partitions:positions(1+2),3/3 partitions:positions1,2,3 off ：分析不能转录成RNA 的DNA 2 partitions:positions(1+2),3:1,2 段转录比较慢，3 段转录比较快 3 partitions:positions1,2,3：3 段都有自己的转录翻译速度 有些（name 下有两个以上）这时需要选择 Data Partitions 的Unlink Subst Models” 4、选择 clock model 选择 the relaxed molecular clock models 数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很 多数据都是用到 the relaxed molecular clock models 2 / 6 选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors ：我们比较多的希望使用Yule 模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑 序列不同的种类。 6、Priors 在有数据的情况下，改变设置 trmc （）的Priors，其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。 7、MCMC Length of chain ：取决于数据大小和质量，系统默认为 10，000 ，000 Echo state to screen every 和 log parameters every ：多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和 记录在日志文件中。前一个系统默认为 10，000 这个数值不要低于 10,000，不然会有一大 堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度 8 输出创建 XML 文件 3 / 6 Running BEAST Run BEAST 加入文件为新建好的 XML 文件 Run 完以后出现两个文件 XX.log.txt 和 XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 软件 打开 XX.log.txt 查看结果 4 / 6 Select meanRate 去查看 95%HPD TreeAnnotator Obtaining an estimate of the