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亚硫酸氢钠测序法 （bisulfite genomic sequencing） 直接测序法是建立在 MSP基础上进一步深入研究 CpG岛各个位点甲基化情况的方法.重亚硫 酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶 ,而甲基化的胞嘧啶保持不变 ,行 PCR扩增（引物设计时尽量避免有 CpG,以免受甲基化因素的影响）所需片段,则尿嘧啶全部转 化成胸腺嘧啶.最后，对PCF产物进行测序，并且与未经处理的序列比较 ，判断是否CpG位点发 生甲基化.此方法一种可靠性及精确度很高的方法 ,能明确目的片段中每一个 CpG位点的甲 基化状态?在寻找有意义的关键性 CpG位点上，有其他方法无法比拟的优点