无参转录组序列组装及实际操作.pptVIP

A/OROAD GENOME 培训目标 安诺优达安诺基因 如何使用 Trinity组装软件? 使用·下载安装、脚本及投递、参数调整等 组装结果看什么? 查看·命名意义、转录本总数、GC含量、N50等 如何评估组装结果好坏 评估·比对率、 reads利用率、核心蛋白比对率等 2019/11/29  A/OROAD GENOME 主要内容 安诺优达安诺基因 组装软件及 Trinity的使用 结果查看与评估 实际操作 Trinity组装原理 2019/11/29  A/OROAD GENOME 组装的目的 安诺优达安诺基因 直接目的 得到未知参考基因组物种的转录组 最终目的 基因功能注释、基因定量分析、差异基因筛选. 所以,转录组拼接技术应运而生 2019/11/29  A/OROAD GENOME 转录组拼接软件 安诺优达安诺基因 Mapping-first approches 方法:首先比对到参考基因组,然后用比对的 Reads及 paired-ends进行序列拼接。 代表软件: Scripture, Cufflinks 没有合适的参 考基因组 优点:灵敏度高 怎么办? 缺点:对参考基因组的依赖度太高 2019/11/29  A/OROAD GENOME 转录组拼接软件 安诺优达安诺基因 Asse