生物信息学作业实验6.docx

广州大学学生实验报告 开课学院及实验室： 生命科学学院 计机楼 407 2013 年12月6 日 学 院 生命科学学院 年级、专业、班 生物工程 10 姓名 学号实验课程名称 生物信息学 成绩 实验项目名称 实验六 蛋白质序结构与预测 指导教师 一、实验目的 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于 motif 、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质结构预测。 二、实验内容 1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、 同源性分析、 motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的结 果； 2、总结进行上述分析所需注意的关键事项 1 三、实验步骤 1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、 motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果； 1、人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用 Internet 浏览器并在其地址栏输入 Entrez 网址 (/Entrez) ； （2）在 Search后的选择栏中选择 protein； （3）在输入栏输入 homo sapiens adiponectin； （4）点击 go 后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号 NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列信息；（6）将序列转为 FASTA 格式保存 (参考上述步骤使用 SRS 信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列 )； 2、使用 BioEdit 软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 打开 BioEdit 软件 →将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列输入分析框 →点击左侧序列说明框中的序列说明 →点击 sequence 栏→选择 protein →点击 Amino Acid Composit ion →查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择 protein 后，点击 Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile 查看该→蛋白质分子疏水性水平； 2 3 3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： 1）进入 NCBI/Blast 网页； 2）选择 Protein-protein BLAST (blastp)； 3）将 FASTA 格式序列贴入输入栏； 4）点击 BLAST ； 5）查看与之同源的蛋白质； 4 5 4、人脂联素蛋白质序列的 motif 结构分析： 1）expasy-tools(/tools/)中的链接进入， 或直接输入网址 （http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页。 2）将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏； 3）在 Prosite Profile 前打钩，然后点击 Search； 4）查看分析结果（注意 Prosite Profile 中的 motif information ）； 6 7 5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： （ 1）可由 expasy-tools(/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（ / ）进入； 2）进入 predictprotein 页面后，先 register（注册）； 3）然后将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏， submission（提交）所要分析的蛋白序列； 4）分析结果。 8 PHD predictions 结果： PROF predictions 结果 6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： （1） 进入 /swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页； （ 2） 选择 Automated mode （自动模式）； （ 3） 进入 Automated mode 界面后输入 E-Mail 地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏， 点击“ submit modeling request”后，等待结果。 （ 4）下载蛋白 PDB 文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入 rasmol 查看三维图象）。 9 10 2、总结进行上述分析所需注意的关键事项 1、 对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于 NCBI/Blast 软件的蛋白质同源性分析和 motif 结构分析。 2、 二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序