生物竞赛-生物信息学部分-分子进化树.pptVIP

2021/2/6 * 2021/2/6 * 得到序列比对后,将其存为“.meg”格式。MEGA只能打开meg格式的多序列比对文件。 2021/2/6 * 返回MEGA主页面,“File-Open…”打开保存的meg文件,点击“TA”即可。 2021/2/6 * 点击C可以看到保守位点,点击V则是可变位点（包括Pi和S）。 2021/2/6 * 点击“选择和编辑数据”图标,可对所选择的序列进行编辑,完成后点击close即可。 单击可选择要分析的序列,双击可以编辑序列名称。 2021/2/6 * 构建NJ树 2021/2/6 * 进化树的测试方法,可以选择用bootstrap,也可以选择不进行测试。重复次数（replication）通常设定至少要大与100比较好。 Model/Method对于蛋白质序列通常选择“p-distance”。 Partial deletion, cutoff 50% 2021/2/6 * 自检率值Bootstrap BOOTSTRAP值的意义是根据你所选的统计计算模型,设定初始值100或1000次,即让模型计算并绘制100或1000株系统发育树。而建好的系统发育树中每个节点上的数字则代表在命令阶段要求的100或1000次进化树分析中有多少棵树有这个节点,即这几个物种是具有相同的进化分类的关系。一般来说,节点上的数值大于初始值的70%,这样的系统发育分析才