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Cytoscape 简单操作步骤 1. 构建网络 可以新建一个空白网络 ,也可以使用自己的数据导入构建网络 , 以下是导入数据构建网络 : 点击 File — Import —networkfrom table(text/ms excel) Input file 列选择自己要导入的文件 然后选择你要建立链接的两列 ,当前我是要聚簇图 ,所以我选的 source 列为自身的 id, target 列为当前 id 所在簇 , 其它列目前都是打的叉 ,这意味着画图时不考虑他们 ,如果你想 把他们作为边的属性添加到画图中 ,只需要点一下该列 ,变成对勾即可 Interaction type 一般默认就可以 (这个选项不是很清楚 ,默认是 pp 类型 ) 设置好之后点击 import 这样简单的网络已经建成 2. 设置网络 默认的网络部署为 grid layout, 你可以自己选择自己需要的 layout, 点击工具栏中 layout, 选 择其它布局 ,我们用的是 force-direct layout 这样比 grid layout 好看多了 ,接下来我们对簇做一些设置 首先我们导入节点属性 File — import — attributefrom table 选择你要导入的属性文件 ,我们当前的属性文件即每个 节点与它对应的簇 点击 import 然后点击 data panel 下第一个按钮 ,你会发现节点多了两个属性 ,一个是 column1, 一个是 column2, 点击之后打上对勾 , data panel 下就会出现这两个属性列 节点自带的属性其实还有很多 ,如果还想填其它自带属性 ,在界面中随机选一个点右键 ,选 择 visual mapping bypass 那里还有很多 接下来设置簇的颜色 点击 vizMapper 下面会有很多节点的属性 ,以及边的属性 找到 node color 双击 点击 node color 旁边的 please select a v ….,我们选择刚才导入的属性 column2 点击 Mapping Type 旁边的 please select a m….选择 continuous Mapping 然后双击 Graphical view 我们需要简单设置一些参数 ,点击 min/max 因为我们当前只有 0-4 簇 ,所以最小为 0,最大为 4,点击 ok,然后可以点击 add 多加一些分 割符 (如图蓝色为 add 之后新加的 ) 默认颜色为黑和白 ,想要换别的颜色 ,双击两个分隔符之间的颜色去 ,选择自己想要的颜色 选好之后 ,界面中所有点颜色发生改变 这是对于整体颜色的设置 ,在图中 ,我们相对簇中心点设置另外的颜色以及形状 ,选择簇中 心点右键 visual mapping bypass 选择 node shape,我们选正方形 ,然后点击 apply 点击 visual mapping bypass 选择 node color,设置颜色 ,如下 : 这时我们点击 data panel 中第一个按钮 ,发现多了两个属性 ,一个是 node.fillcolor, 一个是 node.shape, 这样我们设置别的点时就不需要刚才那么麻烦 ,换另外一个点 ,单击 Data panel 中如下 ,我们只需要在这里添加就可以改变节点 我们可能想知道每个点的 id 是多少 ,在工具栏中选择