原来测序时barcode有那么多用法.docx

精品文档 精品文档 PAGE PAGE2 精品文档 PAGE 原来测序时的 barcode有那么多用法 前段时间第一次拿到 200多个群体的测序数据，准备对 这些数据剖析，然后就遇到自己以前剖析几个样本不会遇到 的问题：illumina平台一次上时机得到好几个 T的数据，公 司是怎样保证不会把数据给错用户呢？其实答案我也知道， 就是给不同样本加上barcode，可是我没想到的是barcode居然有那么多组合方式。barcode虽然能够简单分为两种，如下inlinebarcode:出现在一条read的碱基序列中indexbarcode:出现在一条read的ID部分可是在reads中出现的花式就特别多了，能够只在一端read中出现Inlinebarcode（图一），或在一端read中出现indexbarcode（图二），也能够在一端read中同时有inlinebarcode和indexbarcode（图三），也能够在一端有inlinebarcode加indexbarcode，在另一端只有indexbarcode（图四），以及在两头都只有indexbarcode（图五）,最后是在两头都有inlinebarcode（图六）图一：SE|PEsingleinlinebarcode图二：SE|PEsingleindexbarcode图三：SEinlinebarcode+indexbarcode图四：PEinlinebarcode+indexbarcode图五：PEindexbarcode图六：PEinlinebarcode 虽然有那么多加 barcode的策略，但其实本质上是两种标记 策略。自然还有一种策略就是你承包一条lane，这样子你就不需要加barcode，也就是图A。图B中的Barcode就是inline code，它在接头的 5端即测序引物那部分上，和 DNA片段 周边，在测序的时候，加入引物，然后一边合成一边测序， 于是在最后的序列中就会引入 barcode。图C的Index是index barcode，在接头的 3端，测序的时候也是先加第一个引物 (SP1)，然后一边合成一边测序，等读完之后，再加入第二个 引物(IP2)去测index的部分，对样本进行区分，因此不会占 用读长。barcodeRd:read，短读SP:sequencingprimers，测 序引物如果样本比较小，也就是十几个，企业会用 index barcode，得到的read长度都是100或150。如果样本有上百 个，企业就考虑用 inlinebarcode，如果返回的是分开样本的 fastq，那么长度就不到 150，100，因为去掉了 inlinebarcode。 最后介绍观看这个视频，生信剖析者必须懂点测序原理！ ！