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重建系统发育树的法和贝叶斯法多重序列比对将待比对的序列以格式保存利用或中的软件进行多序列比对保守区的选择将得到的序列提交在线服务器得到保守区的序列并通过软件将其转换为核苷酸替换饱和度检测用软件验证替换饱和只要比较和值大小及显著与否即可当小于且极显著就说明没序列替换未饱和可以建树核苷酸替换模型的选择在进行系统发育分析过程中建树序列的进化模型选择是至关重要的一步尤其对进化模型敏感的法和法通过软件选择核酸替代模型安装或软件然后再安装软件配置分别设置和路径运行点击选择中文件当模型参数值计算完毕程序会提示
重建系统发育树 (PAUP 的 ML 法和贝叶斯法 )
1 多重序列比对
将待比对的序列以 fasta格式保存 ,利用 clustalx2.1 或 MEGA 中的 clustalW
软件进行多序列比对 ?
2 保守区的选择
将 1 得到的序列提交 Gblock 在线服务器
(http://www.phylogeny.fr/one_task.cgi?task_type=gblocks),得到保守区的序列 .fasta,
并通过 MEGA
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