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（生物科技行业）生物信息 学 生物信息学，2011;6 （1）：23-30 。 PMCID ：PMC 线上发表于2011年3月2 日。 版权所有©2011生物医学信息 人基质金属蛋白酶的比较分析：新兴疾病的治疗目标 Jaiswalastha ，AasthaChhabra ，Umang 马尔霍特拉，ShreyKohli 先生，和 Vibha 拉尼* Jaypee 学院生物技术系，信息技术，A-10-62部门，诺伊达-201307 ，印度北方邦 *Vibha 拉尼：电子邮件： @ .in 电话：+ （91）-120-传真：+ （91）-120- 2011年2月3 日，接受，2011年2月7 日。 这是一个开放式访问的文章，允许无限制的使用，分配，在任何媒介的复制，用于非商业目的，提供 的原始作者和出处计入。 本文已被引用在 PMC 的其他物品。 其他路段▼ 抽象 任何有病的具体目标蛋白质的鉴定涉及的蛋白质可能涉及广泛的表征。展示的蛋白质相 媲美的功能家庭的成员可能会出现某些不同寻常的特点，在病理状态时有牵连。在计算 生物学领域的进步和各种生物信息学工具的使用进行分析，可以帮助研究人员理解他们 的工作体系，在研究的初级阶段。初步筛选可以帮助减少在实验室的测试和实验的时间 和成本。人基质金属蛋白酶（MMP ）的内肽酶的家庭是一个23名成员，负责降解的 ECM 蛋 白的胞外基质（ECM）重塑家庭。虽然他们的作用已被牵连的各种病理情况，如关节炎， 动脉粥样硬化，癌症，肝纤维化，心脑血管和神经退行性疾病，很少有人知道，在疾病 的MMP 家庭成员的具体参与。比较已在硅片的MMP 蛋白家族的特征进行了分析其物理化 学，二级结构和功能特性。发生非典型特征的观测模式的基础上，我们推测，富含半胱 氨酸和高耐热蛋白酶可能在疾病条件的关键球员。因此，进行合理的分组可能的疾病， 可能会被视为有前途的临床目标考虑的反应基质金属蛋白酶。这项研究可用于识别签名 模式的特点，分析和筛选大量的蛋白质家族作为根本途径。 其他路段▼ 背景 过去二十年里，无数的核酸和蛋白质序列数据银行的形式存储在基因组和蛋白质组数据 的积累，在指数上升。数以千计的科学家研究的巨大努力，正在做注解生物的蛋白质的 结构和功能。相反，新发现的蛋白质在发挥正常或患病的条件下可能扮演潜在的角色， 这种功能的认识大大得益于数据的积累 [1] 。在系统与生物信息学工具的帮助下，这些蛋白质序列注解是应用生物学今天主要的 重点领域之一。生物信息学领域的进展标志着众多工具的发展使特定显著蛋白的分类和 定义变得更系统化和更容易，从而在实验室中节约了更多因为反复的实验和错误而花费 的时间和成本。这种事先的分析，也可以使得实验室研究有了方向，从而帮助一起集成 在硅片和实验工作的领域。蛋白质家族是从同一祖先进化而来的，且都表表现出阈值水 平的关系[2] 。MMPs 是一个含锌的内肽酶，这是金属 metzincin 家族的一个子集家庭。 基质金属蛋白酶(matrixmetalloproteinase,MMPs)是参与降解包括骨在内的全身各种组织细 胞外基质(extracellularmatrix ，ECM)的蛋白酶家族 。在此基础上，他们已被列为胶原酶， 明胶酶（也叫Ⅳ型胶原酶），基质溶解素 ，膜型基质金属蛋白酶（MT-MMPs ）和[3]其他未 2+ 分类蛋白酶。在结构上，基质金属蛋白酶包括四个领域：一个氨基末端疏水亲域，锌 含 有催化结构域，灵活的铰链区和羧基端 hemopexin 样结构域负责其基板的具体性质[4] 。 MMPs 活性受组织基质金属蛋白酶（蛋白酶抑制剂）抑制剂。在正常情况下，这种控制是 负责维护ECM 的。监管活动中的不平衡，因此，破坏ECM 的完整性[5] 。基质金属蛋白酶 已被牵连在许多生理和病理条件下，如关节炎，临床指标，动脉粥样硬化，癌症，眼科 疾病，皮肤病，心脑血管和神经退行性疾病[6] 。 出26至日期蛋白酶报道，已确定23人[7] 。我们的研究报告，在硅片比较表征和分析人体 蛋白酶的使用各种生物计算工具，其理化，二级结构和功能特