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FFPE样本评估项目进展汇报汇报人：FFPE项目组时间：2015年11月目录一、项目概述与回顾1、项目概述2、项目计划3、项目回顾4、存在问题1、项目概述背景：目的： 具备对商业化FFPE样本进行DNA提取、建库、测序、以及SNP/INDEL检测的能力。?FragmentedChemically ModifiedCrosslinkingOne billion2、项目计划3、项目回顾DNA提取方法筛选：比较三种不同DNA提取方法，确定最优方法。 DNA质量评估标准初步建立：依据多重PCR结果对FFPE样本进行DNA质量评估，并初步制定样本质量标准。FFPE样本数据初评：依据初步制定的质量标准，对于不同质量的FFPE样本进行建库测序，评估FFPE样本数据基本特征。4、存在的问题1、B、C级数据差异不大；2、A级样本与新鲜FFPE样 本差异较大 ；1、捕获特异性35%；2、有效数据率10%；可能原因：DNA片段大小不均一，小片段过度扩增；DNA丰度不够；二、本次汇报内容1、FFPE样本质量评估体系优化；2、调整建库方法后，不同级别FFPE样本测序数据评估；3、问题讨论1、 FFPE样本质量评估体系优化评估方法Multiplex PCR：FFPE来源DNA的最可靠质控方法检测可扩增的DNA片断检测FFPE样本降解程度PCR 产物长度1、 FFPE样本质量评估体系优化优化方向引物编号片段长度