Vector NTI 使用中文说明.pdfVIP

Vector NTI 它主要包括四个组件，分别对DNA 、RNA 和蛋白质进行各种分析和操作。 一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite 的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提 供数据组织、编辑和分析支持。 （一）对分子序列的操 我们以一个DNA 序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA 序列翻译 成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。A，DNA 序列为猪生长激素的cDNA 序列，长为761bp 。 首先使用Vector NTI 的Create New 命令将此序列导入到Vector NTI 的数据库中： 1，第一种方法：如果只 知道序列时，点击Molecule 才菜单中的Create New——Using Sequence Editor （DNA/RNA„„）；2 ，在出 现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General 填入导入序列的名称——PGH ；3，在DNA/RNA Molecule 活页中，选中 Linear DNA， Animal/other Eukaryotes ，Replicon Type 中选 Chromosome ； 4 ， Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA; 5 ，在Sequence and Maps 中点击“Edit Sequence ”按 钮，将 DNA 序列复制后，点“Paste ”按钮-点“OK ”－确认后就可以完成序列导入。 B ，如果是一个从 GenBank 上下载的序列文件，则：点击 “Molecule ” 菜单-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在 File format 中选中GenBank Files ；点击OK 。 （二）常规操作： 当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息， 上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以 双链形式出现，也可以更改为单链显示。 1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键， 同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。 2 ．删除：选中后直接点击键盘上的Delete 键，确认后 即可删除。 3 ．选中序列片段后，点击Edit 菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、 定义为新的特征区和用其它序列来代替等。 4 ．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序 列：Edit –New –Insert Sequence as 5 ．当希望序列显示单链时，点击View –Show Both Strands （三）常规分析：1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes ： 选中设计引物的模板区或点击 Analyze 中的相应命令即可。 需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们 推荐使用Oligo，所以此处不详述。2 ．序列基本信息分析：选中序列区段后，选Analyze –Oligo Analysis, 在Oligo Analysis 对话框中，点击Analyze 按钮，即可得到分子量、GC 含量、Tm 值、3 ‘端的自由能、回 文结构及重复序列等基本信息。 3 ．酶切图谱分析 点击 Analyze 菜单中 Restriction Sites 命令，出现 “Restriction Map Setup ”对话框，点击 Add 按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点 Remove 按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。 点击OK 后程序自动完成酶切分析。4 ．Motif 查找 点击Analyze 菜单中的Motifs 命令，在出现的Motifs Setup 对话框中我们可以添加新的Oligo 或从Oligo Database 和Oligo List 中选取；选中后点击OK 按钮，程序完 成Motif 的查找，同时给出相似性的百分比。 5 ．ORF 查找 点击Analyze 菜单中的ORF 命令，在出现的 ORF Setup 对话框中，填入ORF 的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK ，程序自动完 成ORF 的查找。 6 ．翻译 翻译前选中一个ORF 或一个区域，这里我们希望把pGH cDN