Diamond基础操作指南(大全).docVIP

Diamond基础操作手册 Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体结构可视化软件。 Diamond 整合 了丰富的功能， 可以简化处理晶体结构数据 冗长的工作， 不仅适用于研究和教学， 同时也可以应用与出版和作报告。 1. 配合物分子结构的绘制 (1) 双击 diamond快捷方式，进入主程序。打开数据 .cif 文件，程序将出现一系 列对话框，可一直点击“下一步” ，知道有“完成”出现，点击“完成” ，如再有 对话框出现仍点击“完成” ，程序进入结构图编辑页面。 1 / 6 (2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原 子组去掉（如 Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图 Cd-O 键 最大值约在 2.7，所以将计算机默认值由 2.880 改为 2.700。 (3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中 的原子（未键连） 。 (4) 在 Build 菜单中找到 Filter ，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩 则表示其在屏幕中会正常显示出来。 示出来。在配合物的结构图中一般 的钩去掉。 如果不挑钩则表示该原子被过滤掉， 将不显 H 原子不需要显示出来，所以我们将 H 原子 2 / 6 (5)配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将 (3)中孤立的原子连 接起来。 由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子， 因此使用 补全配位模式按钮， 将另外两个三唑长出来。 对于配位环境图中的非碳原子需标 出原子序号， 方法为鼠标左键单击要编号原子， 然后选择屏幕下方的原子标号按 钮。 如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意， 可以鼠标左键双击原子 标号进入原子标号设定对话框进行设定。 注意对后长出来的与金属离子直接相连 的原子需要根据该原子的对称操作符号（与 .txt 文件中的对称操作对应）给出相 应的对称操作记号。如 N2 的对称操作为 x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操 作码符号为 #1，则该原子在标注时为 N2A。 3 / 6 (6) 原子颜色与键长的修改， 在 picture菜单下的 Atom Design 和 Bond Design 选 项。 (7) 在画配合物的高维结构图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使配合物 骨架不断生长，为避免程序反应过慢，请将屏幕下方的 Representation settings中 的 Rendering 前的对钩去掉。 4 / 6 (8) 将(7)中无序的平面图按照一定的排列规则裁剪出来。 （使用鼠标左键选择与 键盘 Delete 键配合）其中坐标系与文字说明部分可分别通过双击打开相应对话 框进行编辑。 (10) 使用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观察的方向。 (11) 选择 File 菜单下的 save as保存图片。 注意： 需要同时通过 save structure as 和 save graphics as保存 diamond 和 gif 两种格式的文件。 5 / 6 6 / 6