代谢组学软件XCMS plus 用户使用说明.pptx

XCMS plus 用户使用说明;Global Discovery 成熟的 自动化 功能全的软件;全世界超过12,000名用户 直接识别SCIEX数据格式，无需软件转换 集峰发现、峰匹配、统计分析、鉴定、通路分析功能于一体 直接链接并检索METLIN数据库（超过24万个代谢物信息，其中12127个代谢物有高分辨二级图谱） METLIN数据库与XCMS plus均由美国Scripps Center的Gary Siuzdak 课题组开发;流程化操作：4步;客户端的电脑，基本配置16核CPU（32核更好），内存64G 虚拟机 VMware Workstation12.1 硬盘>4T C盘分区2T，因为软件安在这里，一般电脑CD两个分区即可 同时在主机与VM系统安装fox 提交数据使用主机fox ;双击Vmware workstation, 打开顺序： Converter—XCMS Open convertor—power on XCMS —power on. 注意查看convertMS_Client是否自动打开，如果没有，双击图标 如果convertMS_Client死机没反应，也可以按Restarter monertored convertMS_Client.exe ;主机FireFOX登录—192.168.1.100 XCMS account: Test PW: test2221 ;可以查看XCMSplus 导航栏;Under ‘Create Job’, 4 options are available. ;Single Job 单一工作 —— 一个或一组文件，进行峰提取，对齐 Pairwise两两运算 —— 两组样品，比如KO (knockout) 与 WT (wild-type), 对照组与疾病组等 Multigroup 多组运算 —— 多组样品分析 (>2)找差异，比如分析对照组，低剂量组，中剂量组，高剂量组的不同之处 Meta-XCMS —— 多组两两运算（Pairwise）的相似性;步骤1->2->3->4 (submit) 两两比较 选择或者上传对照组 选择或者上传样品组 ;步骤1->2->3->4 (submit) multi-group analysis多组运算 选择或者上传数据 如果有QC，可以在步骤2指定;每个样品有不同的文件名，不允许同名，不允许一个wiff文件里有两个样品 如果出现同名，XCMSplus无法运算 数据格式要对，如.wiff和.wiff.scan要一起上传 上传确认数据已经传完 ;Load New Dataset 选择需要上传的数据或者直接将数据拖进上传区域 “Drop Here ” 等待数据上传完成，一般<1min Dataset Name：更改—Save 点击Save Dataset & Proceed可以上传另一组 如果数据上传失败，一般是格式不对，或者空间满了，Storage quota usage可查看剩余空间 ;数据上传完成;内置UPLC/TripleTOF pos模板 可直接使用或更改，或建立???的方法;.wiff + .wiffscan mzXML mzML netCDF mzData .raw (Waters) .d (Agilent) .d (Bruker) .RAW (Thermo) ;Using ProteoWizard——Browse选择文件，Output directory转化后文件处， Output format mzXML，Filter Peak Picking，Algorithm CWT ;默认参数UPLC/TripleTOF pos 选择默认参数，点击‘View/Edit’可查看或更改;Comment：参数描述 Polarity设置极性：positive or negative;CentWave – 适用于高分辨数据，XCMSplus 将上传的profile类型的原始数据转化为centroid data 如TripleTOF? 系统采集数据 (QToF, Orbi, FTICRs等) MatchedFilter —适用于轮廓图峰提取 如单杆GC/MS (非 AMDIS) 及单位质量分辨质谱数据 Waters QTOF Premier (centroid of data doesn’t work well) therefore use MatchedFilter ;主要参数 ppm 质量偏差: 每个峰各个扫描点的质量偏差，而不是某个质荷比的质量精度 Peak width峰宽 最小 : 预计最小色谱峰峰宽（单位：s） 最大 : 预计最大色谱峰峰宽（单位：s） Mzdiff：在重叠的保留时间内，设置的数字表示在m/z维度上，差别小于这个值，被认为是同一