计算材料学课件：第4章 分子动力学方法.ppt

第 4 章 分子动力学方法 分子动力学方法 ： 建立系统内一组分子的运动方程 求解所有粒子（分子）的运动方程 研究该体系与微观量相关的基本过程 电子的运动用量子力学的方法处理 原子核的运动用经典动力学方法处理。 第一节 引 言 分子动力学方法可以研究问题: 研究与温度有关的材料性质 热力学性质、相变问题、 力学性质 可以研究与压力有关问题 研究晶界问题、位错、断裂 等力学问题 纳米摩擦、润滑、热量传递等 分子动力学(MD)方法的发展历史 1957年和1959年 Alder Wainwright提出并应用于理想“硬球” 液体模型 . 发现Alder 相变 1963年 Rahman 采用连续势模型研究了液体的分子动力学模拟 1967年 Verlet 算法 1972年 Lees Edwards 平衡系MD 1977年 Rychaert et al 约束系MD 处理蛋白质、生物大分子 1980年 Andersen, Parrinello Rahman 恒压 1983年 Gillan Dixon 非平衡MD 1984年 Nose 恒温 恒温、恒压分子动力学出现，材料科学发展 1985年 Car Parrinello 第一性原理MD 处理金属和半导体、有机物和化学反应 1991年 Cagin Pettitt 巨正则系综MD 处理吸附问题，该方法正在发展之中 物理学、化学、材料科学、生物学与制药 研究必不可少的工具 第二节 分子动力学基本思想 一.经典力学定律 原子i所受的力可以直接用势能函数对坐标的 一阶导数 U为势能函数: 简称势函数，（或力场） 是描述原子或分子间相互作用的函数。 势函数的精确与否直接对计算结果有关 对N个粒子体系的每个粒子有： 这些方程的求解一般来说需要通过数值方法进行 (解析方法只能求解最简单的势函数形式) 数值解产生一系列的位置与速度对 n表示一系列的离散的时间 表示时间间隔(时间步长) 二. 分子动力学的基本思想 内禀动力学规律 构成物质的 原子或分子 多粒子体系 牛顿定律 宏观性能 统计物理 三. 分子动力学方法工作框图 相互作用 温度，压力 运动方 程式 原子位置坐标 3维结构 原子的运动 热力学性质 动力学性质 热学性质 等等 原子坐标，速度 输入信息 输出信息 二次信息 MD程序按以下方式构成： 1. 输入指定运算条件的参数（初始温度，粒子数，密度， 时间步长） 2. 体系初始化（选定初始坐标和初始速度） 3. 计算作用在所有粒子的力 4. 解牛顿运动方程（第3)和第4)步构成了模拟的核心， 重复这两步，直到体系的演化到指定的时间）； 5. 计算并输出物理量的平均值，完成模拟 四. 分子动力学的适用范围 分子动力学方法只考虑多体系统中原子核的运动， 而电子的运动不予考虑，量子效应忽略 经典近似在很宽的材料体系都较精确 对于涉及电荷重新分布的化学反应、键的形成与 断裂、解离、极化以及金属离子的化学键都不适用， 此时需要使用量子力学方法。 经典方法对相对的高频率的运动不适用 第三节 分子动力学的主要技术概要 一. 分子动力学运行流程图 启动计算 设定坐标、速度的初始值 t+?t 计算作用在原子上的力 计算下一时刻的坐标和速度 计算物理量并对结果进行统计处理 ttmax 结束 分子动力学运行流程图 二. 初始体系的设置 初始化: 要求给每个粒子指定初始坐标和速度 初始坐标: 可以从实验(晶体结构)中得到 初始速度: 根据伪随机数进行设置，使体系 的总动能与目标温度对应，能均分定理， 在热平衡时，每个自由度的能量为kBT/2 NF为体系总的自由度数 通过给某个速度分量设置麦克斯韦分布来实现。 三. 时间步长和势函数 时间步长?t: 的选取是非常重要的，不合适的时间步长 可能会导致模拟的失败或结果的错误， 或者造成模拟的效率太低。 时间步长的选取参考原子或分子特征运动频率。 1fs 势函数：原子间相互作用控制着原子间的相互作用 行为，从根本上决定材料的所有性质，这 种作用具体由势函数来描述。 四. 力的计算方法: 分子动力学中，90％以上是用来计算作用在原子上力， 所用时间大致正比于原子数目的平方 (1) 对于短程力，采用截断半径法 1 7