脚本及程序使用说明.pdfVIP

课程使用 及 说明 注：每节课程分析需要的 及 都存放在本节 的参考资料，直接从参考 资料处 或者从给的 地址 hmmsearch 使用说明 用途：利用蛋白保守结构域的隐 模型搜索蛋白序列中具有该保守结构域的蛋白 用法：hmmsearch --cut_tc --domtblout result.txt *.hmm pep.all.fa 说明：result.txt 是输出的结果文件，*.hmm 在pfam 数据库 的模型， pep.all.fa 物 种 组所有蛋白序列 hmmbuild 使用说明 用途：利用clustalw 比对生成的aln 文件构建蛋白保守结构域的隐 模型 用法：hmmbuild new.hmm .aln 说明：new.hmm 是结果文件也就是构建的蛋白保守结构域的隐 模型， .aln 是clustalw 比对生成的aln 文件 _xu .pl 使用说明 用途：提取 hmmsear