分子模拟及分子动力学简介-FudanUniversity.pptVIP

分子动力学简介 什么是分子模拟 分子模拟的大致分类 量子力学模拟：ab initio 分子级别的模拟 蒙特卡洛方法 分子动力学 CPMD:考虑量子效应的分子动力学 颗粒方法（Coarse Grain） 势能模型 简单分子的势能模型 复杂分子的势能模型 复杂分子的势能模型 例子：丙烷 键长 键角 扭矩 范德华力 不同类别原子之间的作用 静电力 周期边界条件 静电力的长程校正 多体作用 模型参数的获得 分子动力学程序的一般步骤 初始能量优化方法 积分方法 步长 NVE模拟 温度的计算 压力的计算 其他常见性质 NVT：温度的控制 NVT：温度的控制 NPT：压力控制 简单小型体系 大型（复杂）体系和并行算法 MPI MPI基本流程 GPU计算架构 GPU的并行计算 并行计算的主要矛盾 数据复制法 区域分解法 几种常见的针对软材料模拟分子动力学软件 NAMD AMBER CHARMM GROMACS Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such sim