一种基因序列比对方法及系统.pdfVIP

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2023-06-05 发布于四川
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一种基因序列比对方法及系统.pdf

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本发明公开一种基因序列比对方法及系统，该方法包括：将参考基因组序列和查询基因组序列存储于分布式存储系统；在Spark异构分布式计算平台框架下：按行偏移量分割参考基因组序列，并进行预处理，得到多个预处理参考数据集；采用后缀数组算法为每一预处理参考数据集建立索引，并合并所有建立索引后的预处理参考数据集，得到参考序列索引文件；采用种子扩展算法将查询基因组序列中的各个片段与参考序列索引文件进行CUDA细粒度序列比对，确定每个片段在参考序列索引文件中的位置信息；合并所有片段在参考序列索引文件中的位置信息得

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 112735528 A (43)申请公布日 2021.04.30 (21)申请号 202110024450.4 (22)申请日 2021.01.08 (71)申请人华中农业大学地址