复杂疾病的分子特征与计算分析.pptxVIP

第1页/共100页复杂疾病的分子特征与计算分析第2页/共100页学习提纲 重点 复杂疾病的分子特征复杂疾病遗传学研究策略复杂疾病遗传学研究相关统计分析方法常用遗传学统计分析集成软件的使用第3页/共100页 难点 复杂疾病遗传学研究中计算分析的算法选择及分析要点 熟悉复杂疾病相关数据库基因分型的方法第4页/共100页第一节 引言（Introduction）第5页/共100页人类常见病，包括恶性肿瘤、心脑血管病、代谢系统疾病、神经系统疾病、精神和行为异常等绝大多数都是复杂性疾病。复杂疾病不符合孟德尔定律，疾病的发生发展涉及复杂的生物学过程，是21世纪生物医学重大的挑战之一。 第6页/共100页第7页/共100页第二节复杂疾病的分子特征与数据资源（Molecular Characters and Data of Complex Disease）第8页/共100页一、复杂疾病的分子特征（一）复杂疾病的定义复杂疾病（complex disease），又称多基因病（ploygenic disorder），是指由多种遗传和环境因素共同决定的一类疾病。与单基因病相比，复杂疾病具有遗传异质性、基因微效性、表型复杂性、种族差异性以及环境相关性等特点。第9页/共100页复杂疾病涉及多种基因和蛋白：众多基因通过蛋白质复合物，调控网络以及互作通路来控制的。复杂疾病受环境因素影响。同一个体在不同条件下对环境的响应不同。基因组的个体差异使不同人对环境的响应也不同。第10页/共100页（二）遗传变异是复杂疾病的决定因素遗传因素在大多数复杂疾病中起决定作用；人群中任意两个不相关个体DNA序列99.8%一致，0.2%存在差异；基因组的不同导致生理表型、罹患疾病的风险及药物反应表型的差异，在人类多样性形成中具有重要意义。第11页/共100页单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism, SNP）单核苷酸多态:人类染色体上的单个核苷酸的差异，是人类基因组变异的主要类型。第12页/共100页SNP相关的基本概念等位（allele）: SNP是一种双等位多态（即SNP的二态性）基因型（genotype）: 同源染色体上一对SNP等位的组合单体型（haplotype）: 特定染色体区域相邻近的SNP的组合第13页/共100页SNP等位、基因型、单倍型与TagSNP第14页/共100页最小等位频率（minor allele frequency, MAF）: 群体中，一对SNP等位中出现较少的等位基因的频率。常见SNP的MAF应5%，而罕见SNP的MAF 1%。非同义SNP（non-synonymous SNP）：能够改变基因产物结构或影响基因表达量的SNP。连锁块（linkage block）：指位于染色体上某一区域的一组相互关联的SNP。第15页/共100页人类基因组中的其他变异插入/删除多态（in/del）微卫星（microsatellite, MS）拷贝数变异（copy number variants, CNV）第16页/共100页第17页/共100页第18页/共100页第19页/共100页二、人类孟德尔遗传疾病数据库（OMIM）MIM （Mendelian Inheritance in Man）与OMIMOMIM由由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）、约翰霍普金斯大学（?Johns Hopkins University?）共同开发和维护OMIM 数据库网址： /omim/第20页/共100页OMIM 主页（/omim）第21页/共100页OMIM编号代表的遗传方式MIM编号范围遗传方式100000-199999常染色体显性遗传或表型（于1994年5月15号创建）200000-299999常染色体隐性遗传或表型（于1994年5月15号创建）300000-399999X连锁位点或表型400000-499999Y连锁位点或表型500000-599999线粒体位点或表型600000-染色体位点或表型（于1994年5月15号创建）第22页/共100页OMIM号前特殊符号的含义“*”：代表已知致病基因的序列信息，没有加“*”表示其遗传模式虽然已有推测，但没有被证实或该基因与其他记录所包含的基因位点的分离情况尚不清楚； “#”：表示这种表型可以由两个或者多个基因中的一个发生突变而引起；第23页/共100页“+”：表示这个记录包含基因的序列信息和表型；“%”：表示记录中描述了一个已知的孟德尔表型，但对其潜在的分子机制尚不清楚；“^”：表示该记录已不存在或已被其他记录所代替。第24页/共100页OMIM数据的下载OMIM数据可在/downloads/downloads页面注册下载，可下载的文件包含