Blast使用入门的教案.pptxVIP

Blast使用入门的教案;;BLAST;;建立评分矩阵;生物信息学：努力在数据的海洋里畅游 ;;BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a set of similarity search programs that explore all of the available sequence databases for protein or DNA. ;BLAST Application;Database Searching;Database Searching;/Web/Newsltr/Spring99/spring99.htm;Dr. Altschul (PhD, M.I.T., 1987) is a Senior Investigator with Computational Biology Branch of the NCBI.? The principal author of BLAST, PSI-BLAST and PHI-BLAST Dr. Altschuls contribution to bioinformatics, evolutionary biology and computational biology is almost immeasurable.? Today more than 100,000 BLAST searches are performed each day on NCBI servers.? Indeed, the original 1990 BLAST paper was far and away the most cited scientific paper of the last decade.? Over the past decade, Dr. Altschul has played a critical role in developing robust statistical methods for assessing sequence similarity.? These contributions, which were key to the development of BLAST, not only enhanced the speed with sequence searching could be performed, but also greatly improved the sensitivity of sequence searches.? With the introduction of PSI-BLAST in 1997, Dr. Altschul and co-workers once again demonstrated how the smart use of statistics can make sequence searching a truly awesome scientific tool. ; Altschul博士（1987年在MIT获得Phd）是NCBI计算生物学部门的高级研究员，是BLAST, PSI-BLAST 和PHI-BLAST原理的创造者. Altschul博士对于生物信息学、进化生物学、计算生物学的贡献是不可估量的，时至今日，每天有超过100,000名的BLAST搜索者在使用NCBI的服务器，实际上，在过去的十年中，1990年的BLAST的原文献是被引用次数最多的科学文献. 在过去的十年中，Altschul博士在发展评估序列相似性更有效的统计方法方面起到了重要作用，无论是提高搜索速度，还是加大相似序列间的敏感性上，这些贡献对于BLAST的发展是至关重要的，随着1997年PSI-BLAST的采用，Altschul博士和他的合作伙伴再一次展示了聪明地使用统计学是如何使得序列搜索变成了一个真实地、令人生畏的科学工具。;Query sequence ;引用次数：35799;引用次数：4179;了解BLAST算法的主要精神 ;;第20页/共207页;将长序列转换成短序列;KNTM YVII ILTW NLTM TNDM KNHR CHST TRTL MTNI RKTH;;第24页/共207页;;第26页/共207页;Blosum62;第28页/共207页;第29页/共207页;;旧版的BLAST会从这个匹配的位置，分别向左右去扩展， 直到比对出来的分数开始变小为止。;;核酸打分矩阵 ;BLAST是目前最流行的核酸序列比较程序，其打分矩阵是一个非常简单的矩阵，如果被比的两个核苷酸相同，则得分为“+5”，反之得分为“-4”。;核