转录组学的教案.pptxVIP

第1页/共56页转录组学的教案第2页/共56页第3页/共56页Transcriptome: An evolving definition(The population of) mRNAs expressed by a genome at any given time (Abbott, 1999) The complete collection of transcribed elements of the genome. (Affymetrix, 2004)第4页/共56页Transcribed elementsmRNAs: 35, 913 transcripts (including alternative spliced variants) Non-coding RNAstRNAs (497 genes)rRNAs (243 genes)snmRNAs (small non-messenger RNAs)microRNAs and siRNAs (small interferring RNAs)snoRNAs (small nucleolar RNAs)snRNAs (small nuclear RNAs)Pseudogenes (~ 2,000)第5页/共56页Transcriptomics Definition The study of characteristics and regulation of the functional RNA transcript population of a cell/s or organism at a specific time. Scopethe population of functional RNA transcripts.the mechanisms that regulate the production of RNA transcriptsdynamics of the trancriptome (time, cell type, genotype, external stimuli)第6页/共56页一、转录组学研究全部RNA的表达及功能转录组（transcriptome）指特定状态下一种细胞或组织所能转录出来的所有RNA的总和。——包括编码RNA，即mRNA和非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA)转录组学（transcriptomics）：是在整体水平上研究细胞基因转录情况及转录调控规律的科学。RNA组学（RNomics）：是分析、鉴定非信使小RNA（small non-messenger RNA, snmRNA）在特定状态下表达情况、功能及其与蛋白质的相互作用。第7页/共56页转录组的特点：受到内外多种因素的调节，因而是动态可变的。能够揭示不同物种、不同个体、不同细胞、不同发育阶段及不同生理病理状态下的基因差异表达信息。第8页/共56页Observing the transcriptomeFocussed Experimental Approaches:Northern Blotting AnalysisRT-PCR (quantitative or semi-quantitative)High throughput Approaches:Closed System Profiling: Microarray expression profiling? Open System Profiling: Serial analysis of gene expression (SAGE) Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS)第9页/共56页研究技术微阵列（microarray）SAGEMPSS第10页/共56页（一）微阵列是大规模基因组表达谱研究的主要技术大规模表达谱或全景式表达谱（global expression profile）：是生物体（组织、细胞）在某一状态下基因表达的整体状况。微阵列或基因芯片（DNA chip）:利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术，在固相表面合成成千上万个寡核苷酸探针，并与放射性同位素或荧光物标记的来自不同细胞、组织或整个器官的DNA或mRNA反转录生成的第一链cDNA进行杂交，然后用特殊的检测系统对每个杂交点进行定量分析。第11页/共56页Cellpopulation ACell population BRNAextractionQuantify pixel intensities.AABBReversetranscription“Overlay images”AABBKlenowlabel incorporationScan cy5