基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法.pdfVIP

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2023-07-12 发布于四川
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基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法.pdf

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本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，包括以下步骤：分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件；对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 110400598 A (43)申请公布日 2019.11.01 (21)申请号 20191