『R画图脚本进阶』单个基因结构绘制.pdfVIP

『『RR画画图图脚脚本本进进阶阶』』单单个个基基因因结结构构绘绘制制 2020.11.10更新代码 emmm, 稍微 了下把那个辣眼睛的代码改的稍微不辣眼睛了⼀点... 果然需求是⽣产⼒驱动的第⼀要素以前没 过要整，现在⼜需求了，其实 TBtools 就可以很⽅便的绘制，不过还是⼿痒 ⽤R实现⼀下。就⽤ ggplot2撸出来了。国际惯例，上图 Gh_A08G039000.j pg ⽅⽅法法和和原原理理 其实就是把gff⽂件可视化⼀下，看GFF⽂件的介绍 ：陈连福⼤佬的博客-GFF3格式介绍 我们发现GFF3包含了基因整体信息，所以就 **根据gff⽂件信息，提取UTR和cds信息⽤ ggplot2 的 geom_segment ⼩⽚段⼀段⼀段的画出来。其 实很简单。注意以下⼏个信息 ： strand，⽅向性。 exon是否包含UTR。 所以鉴于这两点也是写了两个判断。直来直去的代码有点辣眼睛，不过没时间了，先解决问题，以后在慢慢美化 _ 。 SSccrriipptt 更新后， 之前的不删除了，看最后能优化成什么样 drawGeneStructure = function(gff,size,lcolor){ names(gff) = c(c r,source,type,start,end,score,strand,p ase,attributes) c r = unique(gff$c r) strand = unique(gff$strand) a = filter(gff,type == gene)$attributes desc = strsplit(a,split = ;)%%unlist(.) tpm1 = filter(gff,type == exon) tpm3 = filter(gff,type == five_ prime_ UTR| type == t ree_ prime_ UTR) if (strand == -){ tpm2 = data.frame(type = paste(tpm1$type,seq(1:nrow (tpm1)),sep = ), end = tpm1$start, start = tpm1$end , y = 1) xend = tpm2$end[1]-100 } else { tpm2 = data.frame(type = paste(tpm1$type,seq(1:nrow (tpm1)),sep = ), start = tpm1$start, end = tpm1$end , y = 1) xend = tpm2$end[1]+100 } p = ggplot(tpm2,aes(x = start,y = y))+ geom_segment(aes(x = tpm2$start[1],y = 0, xend = tpm2$end[nrow (tpm2)], yend = 0), color = lcolor)+ geom_segment(data = tpm2, mapping = aes(x = start,xend = end ,y = 0, yend = 0,color = type), size = size)+ geom_segment(aes(x = tpm2$end[1],y = 0, xend = xend , yend = 0), arrow = arrow (lengt