表观基因组数据标准.pdfVIP

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EpigenomedataStandards

Version1.0beta,15June2017

1WGBSData3

1.1Metadata3

1.1.1Series3

1.1.2Samples3

1.1.3Protocols4

1.1.4Dataprocessingpipeline4

1.1.5Processeddatafiles4

1.1.6Rawfiles5

1.2FileFormats5

1.2.1Rawsequencingdatafile5

1.2.2Alignmentfile5

1.2.3Rawsignalfile5

1.2.4Methylarionstatefile5

1.3DataAnalysis7

1.3.1Qualityfiltering7

1.3.2Referenceindex7

1.3.3Mapping7

1.3.4Filtering8

1.3.5Formatconversion/pooling/signalgeneration/quantification8

1.3.6Pearsoncorrelation8

1.4IDsystem9

1.5References9

2ChIP-seqData10

2.1Metadata10

2.1.1Series10

2.1.2Samples10

2.1.3Procotols11

1/17

2.1.4Dataprocessingpipeline11

2.1.5Processeddatafile12

2.1.6Rawfiles12

2.2FileFormats13

2.2.1Rawdata13

2.2.2Processeddata13

2.3DataAnalysis14

2.3.1Analysisprocedure14

2.3.2Additionalrequirements15

2.4IDsystem15

2.5References15

3IlluminaMethylationArrayData16

3.1Metadata16

3.2FileFormats16

3.3DataAnalysis17

3.3.1Readingrawdata17

3.3.2Normalization17

3.3.3PCA17

2/17

1WGBSData

Wholegenomebisulfitesequencing(WGBS)isanimportantapproachfor

thestudyofsingle-baseresolution

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