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桉树EST-SNP的开发及EST图谱构建的开题报告

【摘要】

桉树（Eucalyptus）是一种重要的经济林木，具有快速生长、高产、高效等优点，在纸浆、木材、生物质能等领域具有广泛的应用。然而，与其它重要的经济作物相比，关于桉树基因组的研究仍然相对较少。本研究以桉树的EST数据库为基础，利用计算机技术和分子生物学方法，对桉树EST-SNP的开发及EST图谱的构建进行研究。

本研究采用双向序列比对分析，对桉树EST数据库中的序列进行比对，检测出潜在的SNP位点。然后，利用PCR扩增和测序等分子生物学方法进行验证，并进行了基因型分析。最后，基于验证后的EST-SNP位点，采用聚类分析和差异表达分析技术，构建了桉树EST图谱。该图谱可为桉树基因组研究和生物技术开发提供帮助。

【关键词】桉树；EST-SNP；EST图谱；分子生物学

【研究背景】

桉树是一种快速生长、高产、高效的经济树种，广泛用于纸浆、木材、生物质能等领域。然而，桉树的基因组结构复杂，基因功能尚未全面揭示，阻碍了其进一步的应用和深入研究。因此，开发桉树EST-SNP和构建EST图谱是解决这些问题的重要方法。

【研究内容】

1.EST数据库筛选和SNP位点检测

我们首先利用计算机软件工具（如BLAST）将桉树EST数据与相关数据库进行比对，筛选出具有代表性的EST序列。然后，我们采用一些分析软件（如PolyPhred、PolyBayes等）进行SNP检测和分析，从而获得潜在的SNP位点。

2.EST-SNP位点验证

我们设计了一些特异性引物，并进行PCR扩增和测序，对潜在的SNP位点进行验证。然后，我们利用一些基因型分析方法，如杂合度、等位基因频率等，对验证结果进行分析。

3.EST图谱构建

基于经过验证的EST-SNP位点，我们采用聚类分析和差异表达分析技术，构建了桉树EST图谱。该图谱可为桉树基因组研究和生物技术开发提供帮助。

【研究意义】

本研究利用桉树EST数据库开发了EST-SNP位点，并构建了桉树EST图谱，为桉树基因组研究和生物技术开发提供了重要的参考。同时，该研究也为开展其它经济植物基因组研究提供了经验和方法。

【研究方法】

本研究采用双向序列比对分析、PCR扩增和测序、基因型分析、聚类分析和差异表达分析等分子生物学和计算机技术方法进行研究。