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枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析的综述报告

枣树（ZiziphusjujubaMill.）是一种重要的经济林木，广泛分布在中国、韩国、日本等国家。枣树的果实富含营养成分，具有重要的药用价值。随着生物技术的不断发展，枣树cDNA文库建设和EST序列分析已成为枣树分子生物学研究的重要手段。本文将对枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析进行综述。

（一）枣树cDNA文库构建

cDNA文库是利用逆转录酶将mRNA转录成cDNA，然后将cDNA插入到合适的载体中，构建起来的一个反映细胞内mRNA表达的文库。构建枣树cDNA文库的过程主要包括以下几个步骤：总RNA提取、mRNA纯化、cDNA合成、插入载体、转化宿主细胞、筛选阳性克隆和纯化cDNA等。

插入载体是cDNA文库构建的关键步骤之一。国内外研究者利用多种载体构建了枣树cDNA文库，其中常用的载体有pSPORT1、pGEM、pBluescript等。例如，中国农业科学院林业研究所研究人员构建了一个大小为1.2×10^6个克隆的枣树cDNA文库，采用pSPORT1为载体，其中约30%的克隆长度超过1kb。

（二）枣树EST序列分析

EST（ExpressedSequenceTag）是从cDNA文库中随机挑选的单次测序结果。EST序列具有以下优点：它们具有高度的表达度，可以反映出细胞内主要的转录产物；它们相对较短，易于测序和分析；它们可以用于分析基因的表达谱和功能等。

枣树EST序列的分析主要包括序列清洗、序列拼接、序列注释和序列比对等步骤。

1.序列清洗

序列清洗是EST序列分析的重要步骤。由于EST序列的测序误差、低质量碱基和受到污染等因素的影响，需要对其进行清洗。通常，采用的方法包括去除序列的低质量碱基、有噪声的碱基以及不符合质量控制标准的序列等。

2.序列拼接

EST序列是由单次测序得到的，其长度通常在200-800bp之间。为了获得完整的基因序列，需要将多个EST序列组装成一个完整的序列。序列拼接的方法有基于重叠区域的比对方法和基于序列相似度的聚类方法。

3.序列注释

序列注释是将序列与已知的基因库进行比对，确定序列的功能和相关信息。常用的序列注释方法包括BLAST（基于局部序列相似性搜索工具）和GO（基因本体论）等。

4.序列比对

序列比对是将不同物种或不同基因之间的序列进行比较和分析，以确定其相似性和差异性。序列比对的方法有全局比对方法和局部比对方法等。

（三）应用前景

EST序列的分析可以为枣树的基因组研究提供重要的资源。首先，EST序列可以为枣树的基因组注释提供借鉴和优化。其次，EST序列可以用于寻找枣树的新基因和新功能基因。第三，EST序列还可以用于枣树的表达谱分析和转录组学研究，探索枣树在不同生长阶段和不同环境条件下的基因表达谱和调控机制等。此外，EST序列还可以为枣树改良提供理论和技术支持，如选择和筛选优良基因来源等。因此，枣树cDNA文库EST序列分析在枣树分子生物学研究中具有重要的应用前景。

参考文献：

李晓飞,张嵬,于树民.枣树cDNA文库构建及EST序列分析[J].果树科学,2013,30(2):338-343.

钟宏,卢作军,张平,等.枣树基因组学研究进展[J].植物学报,2016,51(2):159-167.