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动态蛇形卷积(DynamicSnakeConvolution)用于管状结构分割
论文题目:
DynamicSnakeConvolutionbasedonTopologicalGeometricConstraintsforTubularStructure
Segmentation
简介
管状结构(例如血管、道路)是临床、自然界等各领域场景中十分重要的一种结构,其的精确
分割可以保证下游任务的准确性与效率。然而这并不是一个简单的任务,主要的挑战源于细长
微弱的局部结构特征与复杂多变的全局形态特征。
本文关注到管状结构细长连续的特点,并利用这一信息在神经网络以下三个阶段同时增强感
知:特征提取、特征融合和损失约束。分别设计了动态蛇形卷积(DynamicSnake
Convolution),多视角特征融合策略与连续性拓扑约束损失。我们同时给出了基于2D和3D
的方法设计,通过实验证明了本文所提出的DSCNet在管状结构分割任务上提供了更好的精
度和连续性。
思考
在开始介绍工作之前,我想和读者讨论下在大模型时代下,专用分割方法的价值。
随着SAM(SegmentAnything)[1]、UniversalModel[2]等一众非常优秀的分割基础模型
的提出,越来越多的分割目标只需要在大模型的基础上,直接测试或简单微调,就能够得到让
人十分满意的结果。这不免让人感到迷茫,继续做专用分割工作是否还有价值?后续的研究方
向是否是要去拼大模型?或者站在前人的肩膀上去研究如何将大模型微调到专用领域?
值得注意的是,仍存在一些复杂的领域,大模型还未能够很好的覆盖(也许只是时间问题)。
例如伪装目标、非显著性目标,以及本文所关注的特殊管状结构(占比小、特征弱且分布广)
等等。同时,当分割的对象上升到3D乃至4D的数据时,一些复杂的结构(3D的血管、气
管等)也困扰着大模型。当然,一些特殊的场景,需要非常高的精度,例如临床,1%的误差
对于诊断都有着非常大的危险。
因此,将专用模型与大模型相结合,会促进研究发展地更快、更好。大模型关注更多的是普适
性,通用性和便捷性,在此基础上,大模型针对性地补充领域专有的特征信息,能够更加快捷
地获得更高的精度。
挑战
▲图1.上图:显示了三维心脏血管数据集和二维遥感道路数据集,这两个数据集都旨在提取管状结构,但由于脆弱
的局部结构和复杂的全球形态,这项任务存在很多挑战。下图:标准卷积核旨在提取局部特征。在此基础上,可变
形卷积核丰富其应用,并适应不同目标的几何形态,但针对细长的管状结构容易丢失关注
管状结构的精确提取仍然具有挑战:
细长且脆弱的局部结构。如图1所示,细长的结构仅占整个图像的一小部分,像素的组成有
限。此外,这些结构容易受到复杂背景的干扰,因此模型很难精确分辨目标的细微变化,从而
导致分割出现破碎与断裂。
复杂且多变的全局形态。图1显示了细长管状结构复杂多变的形态,即使在同一张图像中也是
如此。位于不同区域的目标的形态变化取决于分支的数量、分叉的位置,路径长度以及其在图
像中的位置。因此当数据表现出未曾见过的形态特征时,模型倾向于过拟合到已见过的特征,
无法识别未见过的特征形态,从而导致泛化性较弱。
动机
受到DeformableConvolution[3]的启发,我们希望模型在学习特征的过程中,改变卷积核
的形状,从而关注管状结构的核心结构特点。由此衍生出很多工作[4][5],并在视网膜血管的
分割工作中得到了应用。然而在我们的初期实验中发现,由于管状结构所占比例较小,模型不
可避免地失去对相应结构的感知,卷积核完全游离在目标以外。因此我们希望根据管状结构的
特点来设计特定的网络结构,从而指导模型关注关键特征。
方法
▲图2.完整框架图
动态蛇形卷积核(DynamicSnakeConvolution,DSConv)
我们希望卷积核一方面能够自由地贴合结构学习特征,另一方面能够在约束条件下不偏离目标
结构太远。在观察管状结构的细长连续的特征后,脑海里想到了一个动物——蛇。我们希望卷
积核能够像蛇一样动态地扭动,
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